核酸序列转变为aa序列

想通过多序列比对,找出我基因组中某一条核酸序列跟其他已知蛋白的保守位点。因此,需要将我的核酸序列转化为aa序列,这种转变有6中情况,5‘-3’的3个frame,以及3‘-5’互补连的3个frame。简单的搜了一下可以用来完成要求的工具

  1. 用Primer premier 5.0即可,你复制核算序列完成后直接点 DNA 旁边的PROTEIN即可.
  2. DNAMAN或ORF finder可以做到。
  3. BioEdit的方法:file→open打开你的核酸序列文件→点菜单中的sequence→点下拉菜单中的nucleotic acid→translate→选合适的frame,得到结果。
  4. http://web.expasy.org/translate/。我选择的是这个网页版的工具。简单好用,输出格式我选的是Compact(“M”,”-”,no spaces),genetic code 选择的是standard,出来6种结果,然后都用到多序列比对中,不合适的5条删掉。
  5. http://web.expasy.org/protparam/ ???

后来发现,其实用tblastn也能很快达到目的,

参考资料:

http://bbs.bbioo.com/thread-164295-1-1.html

http://www.dxy.cn/bbs/topic/4310545

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

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