cram压缩bam

常用的比对文件sam,通过压缩可以生成二进制文件bam,这个时候文件大小变为了之前的~50-80%,但是bam文件可不可以继续压缩呢?这里将看到bam的压缩文件cram

更多阅读:

http://www.uppmax.uu.se/support/user-guides/using-cram-to-compress-bam-files/

http://www.ebi.ac.uk/ena/software/cram-usage

http://www.internationalgenome.org/faq/what-are-cram-files/

https://www.biostars.org/p/106047/

一、简介

cram项目由EBI主导,目的就是为了减少比对后文件的大小,

支持软件:picard

压缩效果:

File format File size (GB)
SAM 7.4
BAM 1.9
CRAM lossless 1.4
CRAM 8 bins 0.8
CRAM no quality scores 0.26

二、讨论

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

Sam avatar
About Sam
专注生物信息 专注转化医学