【1.0】alignment和mapping区别

最近看文献的时候,老是看到alignment和mapping,之前一直以为都是一回事,不就是比对么,有啥区别呢?

当我们align reads时,我们不仅要求它在基因组中可能出现的位置,而且还想知道它具体在具体是那些碱基匹配上。 例如,我们希望得到类似的结果,“Read foo 可能源自chr1位置123到140,前7个碱基是foo和参考之间的精确匹配,然后是3个碱基插入,然后剩下的碱基foo和参考匹配 。“

当我们map a read,我们只是问,“它来自哪里?” 但是,我们并不一定关心read与其来源之间的确切对齐。

直到最近,“alignment”和“mapping”几乎是同义词。 像Kallisto和Salmon这样的工具改变了这一点,因为他们可以将reads分配给基因/特征/任何东西,而无需查看精确的alignments。 由于(A)这个更快,而且(B)我们实际上并不关心alignments,这在某些应用中是一个巨大的优势。

个人解读

  • alignment 更关注过程,更关注细节,具体是那些碱基匹配上
  • mapping更关注结果,是否匹配上

参考资料

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