【4.1】在线双序列比对

一、psa

目前,使用率最高的是 EMBL 网 站的双序列比对工具(http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa)。打开页面,上面有全局比对工具、 局部比对工具、还有基因组比对工具。

Gap 的类型及分值设置

EMBL 比对工具将 gap 分为两种,一种叫“gap 开头(GAP OPEN)”,另一种叫“gap 延长(GAP EXTEND)”(图 1)。gap 开头就是连续的一串 gap 里面打头的那一个,可以当 它是队长。gap 延长就是剩下的那些 gap,也就是队长后面跟着的小兵。默认情况下,gap 开头罚分多,gap 延长罚分少。

二、其他工具

参考资料:

山东大学 生物信息学课题组荣誉出品 http://www.crc.sdu.edu.cn/bioinfo 巩晶老师课件

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