【4】进程管理-7-python执行外部命令或程序—subprocess
subprocess包主要功能是执行外部的命令和程序。该模块可用来替代以前的老模块os.system、os.spawn*、os.popen*、popen2.、commands.。
运行python的时候，我们都是在创建并运行一个进程。正如我们在Linux进程基础中介绍的那样，一个进程可以fork一个子进程，并让这个子进程exec另外一个程序。在Python中，我们通过标准库中的subprocess包来fork一个子进程，并运行一个外部的程序
使用subprocess包中的函数创建子进程的时候，要注意:
- 在创建子进程之后，父进程是否暂停，并等待子进程运行。
- 函数返回什么
- 当returncode不为0时，父进程如何处理。
一、subprocess以及常用的封装函数
1.1 subprocess.call()
subprocess.call(args, *, stdin=None, stdout=None, stderr=None, shell=False)
父进程等待子进程完成
返回退出信息
shell=True 输入的命令是一个字符串，而不是列表，用这个的时候一定要小心，有可能程序识别分割的位置有问题造成错误。
>>> subprocess.call(["ls", "-l"])
0
>>> subprocess.call("exit 1", shell=True)
1
1.2 subprocess.check_call()
父进程等待子进程完成
返回0
检查退出信息，如果returncode不为0，则举出错误subprocess.
CalledProcessError，该对象包含有returncode属性，可用try…except…来检查(
1.3 subprocess.check_output()
父进程等待子进程完成
返回子进程向标准输出的输出结果
检查退出信息，如果returncode不为0，则举出错误subprocess.CalledProcessError，该对象包含有returncode属性和output属性，output属性为标准输出的输出结果，可用try…except…来检查。
这三个函数的使用方法相类似，我们以subprocess.call()来说明:
import subprocess
rc = subprocess.call(["ls","-l"])
我们将程序名(ls)和所带的参数(-l)一起放在一个表中传递给subprocess.call()
可以通过一个shell来解释一整个字符串:
import subprocess
out = subprocess.call("ls -l", shell=True)
out = subprocess.call("cd ..", shell=True)
我们使用了shell=True这个参数。这个时候，我们使用一整个字符串，而不是一个表来运行子进程。Python将先运行一个shell，再用这个shell来解释这整个字符串。
二、popen()
实际上，我们上面的三个函数都是基于Popen()的封装(wrapper)。这些封装的目的在于让我们容易使用子进程。当我们想要更个性化我们的需求的时候，就要转向Popen类，该类生成的对象用来代表子进程。
与上面的封装不同，Popen对象创建后，主程序不会自动等待子进程完成。我们必须调用对象的wait()方法，父进程才会等待 (也就是阻塞block)：
import subprocess
child = subprocess.Popen(["ping","-c","5","www.google.com"])
print("parent process")
从运行结果中看到，父进程在开启子进程之后并没有等待child的完成，而是直接运行print。
对比等待的情况:
import subprocess
child = subprocess.Popen(["ping","-c","5","www.google.com"])
child.wait()
print("parent process")
此外，你还可以在父进程中对子进程进行其它操作，比如我们上面例子中的child对象:
child.poll() # 检查子进程状态
child.kill() # 终止子进程
child.send_signal() # 向子进程发送信号
child.terminate() # 终止子进程
子进程的PID存储在child.pid
三、子程序的文本流控制
(沿用child子进程) 子进程的标准输入，标准输出和标准错误也可以通过如下属性表示:
child.stdin
child.stdout
child.stderr
我们可以在Popen()建立子进程的时候改变标准输入、标准输出和标准错误，并可以利用subprocess.PIPE将多个子进程的输入和输出连接在一起，构成管道(pipe):
构成管道(pipe):
import subprocess
child1 = subprocess.Popen(["ls","-l"], stdout=subprocess.PIPE)
child2 = subprocess.Popen(["wc"], stdin=child1.stdout,stdout=subprocess.PIPE)
out = child2.communicate()
print(out)
subprocess.PIPE实际上为文本流提供一个缓存区。child1的stdout将文本输出到缓存区，随后child2的stdin从该PIPE中将文本读取走。child2的输出文本也被存放在PIPE中，直到communicate()方法从PIPE中读取出PIPE中的文本。
要注意的是，communicate()是Popen对象的一个方法，该方法会阻塞父进程，直到子进程完成。
我们还可以利用communicate()方法来使用PIPE给子进程输入:
import subprocess
child = subprocess.Popen(["cat"], stdin=subprocess.PIPE)
child.communicate("vamei")
我们启动子进程之后，cat会等待输入，直到我们用communicate()输入"vamei"。
通过使用subprocess包，我们可以运行外部程序。这极大的拓展了Python的功能。如果你已经了解了操作系统的某些应用，你可以从Python中直接调用该应用(而不是完全依赖Python)，并将应用的结果输出给Python，并让Python继续处理。shell的功能(比如利用文本流连接各个应用)，就可以在Python中实现。
四、例子
cmd = '/home/qqin/bin/ntthal -mv %s -dv %s -d %s -n %s -s1 %s -s2 %s -a %s -path %s'% (mv, dv, d, n, seq1, seq2, align_mode,thermo_path)
out, align = subprocess.Popen(cmd, shell=True, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE).communicate()
捕获输入和bug，并通过communicate传送出来
提取文件的行数
cmd = "wc -l %s |cut -f1 -d ' '" % bed_file
out, align = subprocess.Popen(cmd, shell=True, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE).communicate()
参考资料
