【6.2】Bioconductor初识与安装

基于R的一个用于分析高通量基因组数据的工具,Bioconductor的应用功能是以包的集成形式呈现在用户面前,它提供的软件包中包括各种基因组数据分析和注释工具,其中大多数工具是针对DNA微阵列或基因芯片数据的处理、分析、注释及可视化的。同时,Bioconductor。还提供许多与DNA微阵列相关的数据包。开源,每年更新一次。

一、安装基本的Bioconductor组件

在BioC的官方网站上http://bioconductor.org/,存放着Bioc包的安装脚本,biocLite.R, 每次需要安装BioC的包之前,我们运行该脚本。source是运行代码脚本的命令,可以是本地文件,可以是网络上的文件。需要你有流畅的网络链接

source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite()

biocLite()是安装函数,相当于R中的常用的install.package命令,如果不传递需要安装的包的名称,那么则安装如下的组建。 affy, affydata, affyPLM, affyQCReport, annaffy, annotate, Biobase,biomaRt, Biostrings, DynDoc, gcrma, genefilter, geneplotter, GenomicRanges, hgu95av2.db, limma,marray, multtest, vsn, 和 xtable. 在下载和安装完成之后,会打印 “Installation complete” 和 TRUE.

##我的安装过程中出现报错,installed directory not writable,cannot update packages””””…

library(BiocInstaller)
biocValid()

看安装的情况

解决办法:

方法一:以管理员权限安装

flcellogrl@flcellogrl:~$ sudo R
>source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite()

方法二:修改文件安装目录的权限

也许是在安装R的时候用的是sudo,所以一般安装没有办法去安装到那个目录,可以通过上面的查看安装情况后biocValid(),我知道了安装目录在/usr/lib/R,修改那个文件的权限,这样就能安装进去了。Chmod –R 777 /usr/lib/R

Bioconducto中包含的各种包:http://bioconductor.org/packages/release/bioc/

同时biocLite()也有其他的参数,控制安装。

  • pkgs 字符,指定需要安装的包
  • destdir 文件系统路径
  • lib 安装包的库

##二、安装额外的包

除了一种所描述的默认安装的包之外,R和Bioc有非常多的其他的包供安装,bioc包的分类参见[color=rgb(26, 129, 194)]BiocViews, 假设我们需要安装一个名为EBImage的包

source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite(“EBImage”)

可以同时安装多个包

biocLite(c(“pkg1″,”pkg2″))

三、升级安装的包

Bioc的包尤其是那些开发版本的包,升级的非常频繁,如果需要同步更新的代码,需要升级。打开新的R。运行

source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)

old.packages(repos=biocinstallRepos())

升级所有已经安装的包,运行

source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)

update.packages(repos=biocinstallRepos(), ask=FALSE)

请阅读update.packages的帮助文档,获得更多的信息。极少的情况下,需要重新编译bioc的包,为了兼容C或者Fortran, 一个方法就是输入并且运行

source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
pkgs <- rownames(installed.packages())
biocLite(pkgs)

这将重新安装所有目前的已安装包,大家需要注意,可能对带宽要求极高。一般不建议进行。

参考资料:

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

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