6.2 perl--统计每条scaffold的长度

有一个文件, >**为序列的名字,下面接的是一行是序列。统计每个序列的长度。

文件内容例如:

>A
ACTGACGT
>B
CGFSFTACGAT
>C
AGAGAGAGAAGAGAGAGAGA

统计fasta文件中每条序列的长度

#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
my (@arr, $changdu, %hash, $key);
open (FELI, "$ARGV[0]");  #$ARGV[0]指的是脚本运行后跟的第一个参数

while(< IN >){
                 chomp;
                if (/^>/){
                   $key=$_;
}
                $hash{$key}.=$_ unless /^>/;

}

foreach (keys %hash){
                  $changdu=length($hash{$_});
                  print "$_\t$changdu\t$hash{$_}\n";
}
药企,独角兽,苏州。团队长期招人,感兴趣的都可以发邮件聊聊:tiehan@sina.cn
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