7.1 批量下载微生物基因组

一、如何批量从NCBI下载微生物基因组

基因组概况

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse/#!/overview/

基因组下载列表

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GENOME_REPORTS/

所有微生物基因列表：

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/genbank/bacteria/assembly_summary.txt

原核生物基因组列表 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GENOME_REPORTS/prokaryotes.txt

二、我的操作：

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/genbank/bacteria/assembly_summary.txt -O bacteria_assembly_summary.txt
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/genbank/archaea/assembly_summary.txt -O archaea_assembly_summary.txt

cat bacteria_assembly_summary.txt archaea_assembly_summary.txt > assembly_summary.txt

将第20列的链接改一下：

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/900/624/755/GCA_900624755.1_81E7

改为

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/900/624/755/GCA_900624755.1_81E7/GCA_900624755.1_81E7_genomic.fna.gz

三、参考资料

• https://www.biostars.org/p/61081/