基因组注释

一、基本概念
二、重复序列的识别
三、非编码RNA的预测；
四、基因结构预测（基因识别）
1 基本概念
2 常规
3 真核生物
4 原核生物
5 宏基因组
6 短片段预测
五、基因功能注释
1.基因中的模序和结构域
2.蛋白质的功能
3.生物学通路
六、微生物注释专题
七、BGC（生物合成基因簇）专题

总篇数：46

2014/09/25 【1.1】基因组注释
2015/08/23 【2.1.1】RepeatMasker
2015/05/07 【3.1.1】ncRNA注释--Rfam
2013/11/29 【3.1.2】长非编码RNA的鉴定--CPC
2015/05/07 【3.1.3】tRNA的预测--tRNAscan-SE
2014/03/11 【4.2】RAST自动注释微生物基因组
2015/05/06 【4.1.1】基因预测
2015/05/06 【4.3.1】真核基因预测
2015/05/06 【4.3.2】真核基因识别--prodial
2015/05/06 【4.4.1】GenePRIMP
2015/05/06 【4.5.1】宏基因组基因识别--pGlimmer-MG
2015/05/06 【4.5.1】宏基因组基因识别--MetaGeneAnnotator
2015/05/06 【4.5.3】宏基因组基因识别--MetaGeneMark
2021/09/01 【4.6.1】高通量短读开放阅读框预测--FragGeneScan-Plus
2015/05/07 【5.1】蛋白质跨膜结构域预测
2013/12/25 【5.2.1.4】Goslim注释
2019/08/24 【5.1.2.1】蛋白质分选预测简史
2019/08/25 【5.1.2.2】信号肽的预测--SignalP
2015/05/07 【5.1.2.3】Tat信号肽的预测
2015/05/22 【5.2.1.1】PfamScan及pfam数据库
2015/05/26 【5.2.1.2】interproscan安装及使用
2013/12/25 【5.2.1.3】基因本体论与GO注释
2014/09/25 【5.2.1.5】CAZyme的注释
2014/09/25 【5.2.1.6】COG注释
2021/09/07 【5.2.1.7】蛋白分类--UProC
2013/12/06 【5.3.1】分子通路鉴定--KOBAS
2014/01/15 【5.3.2】KAAS终结版
2014/09/22 【6.1.1】插入片段查找--isfinder
2019/12/30 【6.1.2】tRNA和tmRNA基因中精确定位的基因组岛的数据库（Islander）
2014/09/22 【6.2.1】初识CRISPR
2015/05/07 【6.3.1】16SrRNA的预测与鉴定
2020/01/01 【6.6.1】抗性基因数据库--CARD
2020/01/01 【6.6.2】病原菌毒力因子数据库--VFDB
2020/02/24 【6.8.1】DSMZ
2021/09/09 【7.1.1】基因组学技术解码天然产物合成
2021/09/11 【7.1.2】微生物天然产物数据库
2021/09/14 【7.2.1】天然产物域搜索器--NaPDoS
2021/09/03 【7.2.2】抗生素和次级代谢物分析--antiSMASH
2021/07/13 【7.4.1】 MetaBGC--利用人类微生物组化学库的宏基因组策略
2021/07/14 【7.4.2】 HUMAnN2--宏基因组和宏转录组的物种水平功能分析
2021/08/25 【7.4.3】挖掘天然产物生物合成基因簇的宏基因组--BiG-MEx
2021/10/11 【7.4.4】 BiG-MAP用于分析微生物组中代谢基因簇丰度和表达
2021/10/24 【7.4.5】高度可解释的神经编码器-解码器网络从肠道微生物组预测肠道代谢物
2021/10/23 【7.5.1】代谢物-微生物相关性检测方法的评价
2021/10/22 【7.5.2】微生物网络构建原理--SparCC/MENA/LSA/CoNet/SPIEC-EASI
2021/10/21 【7.5.3】从基因组调查数据推断相关网络--SparCC