4.1.2 qiime2的安装

一、conda安装qiime2

Miniconda软件包管理器安装(需要有Linux服务器,但无需管理员权限)

cd /usr/local/src
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh;

chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

#按提示操作,如回车确定,输入yes同意许可,输入安装目录或回车按默认安装;

安装路径修改为:
/usr/local/miniconda3

#升级conda为最新版:新版的bug最少,碰到问题的机会也小

conda update conda

#安装qiime2-2020.6,下载安装所有依赖关系,网速不没,时间差别很大,我安装大约半小时

wget -c https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2020.6-py36-linux-conda.yml

conda env create -n qiime2-2020.6 --file qiime2-2020.6-py36-linux-conda.yml

rm qiime2-2020.6-py36-linux-conda.yml

#激活工作环境,需要几十秒

source activate qiime2-2020.6

#检查是否安装成功,弹出程序帮助即成功

qiime --help

#关闭工作环境:不用时关闭,不然你其它程序可能会出错

source deactivate

参考资料

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

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