3.1.1 biom文件
QIIME, MG-RAST, VAMPS中一种存储数据的格式
通过pick_de_novo_otus.py等产生
形式例如:
OTU ID PC.354 PC.355 PC.356
OTU0 0 0 4
OTU1 6 0 0
OTU2 1 0 7
OTU3 0 0 3
在这些脚本中被使用beta_diversity_through_plots.py, alpha_rarefaction.py和summarize_taxa_through_plots.py.py.
将otu_table.biom转化为txt的格式
biom convert -i otu_table/otu_table.biom -o table_from_biom_w_taxonomy/table.from_biom_w_taxonomy.txt -b --header-key taxonomy
更多关于它的内容,参考:http://biom-format.org/documentation/biom_format.html
