4.3.2 qiime2拆分数据
序列质量评估
qiime demux summarize \
--i-data fmt-tutorial-demux-1.qza \
--o-visualization demux-summary-1.qzv
qiime demux summarize \
--i-data fmt-tutorial-demux-2.qza \
--o-visualization demux-summary-2.qzv
查看质量评估结果,用于确定下步质控的参数
qiime tools view demux-summary-1.qzv
qiime tools view demux-summary-2.qzv
查看可视化评估结果,也可下载qzv文件,使用 view.qiime2.org 打开查看,或直接打开作者在线预计算好的结果。
问题:从上图中我们判断选择质控的参数是什么?
序列上游13 bp的序列质量偏低,设置trim-left 13截掉前13bp序列;整体150bp的质量都不错,则保留150 bp的序列长度
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个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn
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