4.3.1 qiime2导入数据

二、我的案例

cmd_1 = """ qiime tools import  --type SampleData[SequencesWithQuality] --input-path %s  --output-path %s --input-format SingleEndFastqManifestPhred33 """ % (
manifest, qza_fp)

os.system(cmd_1)

manifest是一个文本文件，用来指示测序文件的名字，路径等信息，下面是一个单端测序的结果

# single-end PHRED 33 fastq manifest file for forward reads
sample-id,absolute-filepath,direction
H004,/home/sam/1.fastq,forward
H006,/home/sam/2.fastq,forward
H007,/home/sam/3.fastq,forward

output-path对应的是输出文件

其他例子：

qiime tools import
–input-path sequences.fna
–output-path sequences.qza
–type ‘FeatureData[Sequence]’