4.3.1 qiime2导入数据

二、我的案例

cmd_1 = """ qiime tools import  --type SampleData[SequencesWithQuality] --input-path %s  --output-path %s --input-format SingleEndFastqManifestPhred33 """ % (
manifest, qza_fp)

os.system(cmd_1)

manifest是一个文本文件,用来指示测序文件的名字,路径等信息,下面是一个单端测序的结果

# single-end PHRED 33 fastq manifest file for forward reads
sample-id,absolute-filepath,direction
H004,/home/sam/1.fastq,forward
H006,/home/sam/2.fastq,forward
H007,/home/sam/3.fastq,forward

output-path对应的是输出文件

其他例子:

qiime tools import
–input-path sequences.fna
–output-path sequences.qza
–type ‘FeatureData[Sequence]’
个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

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