4.3.4 qiime2进化树多样性分析

生成树以进行系统发育多样性分析 Generate a tree for phylogenetic diversity analyses

QIIME支持多种系统发育多样性指标，包括Faith的系统发育多样性以及加权和未加权UniFrac。除了每个样本的特征计数（即FeatureTable [Frequency] QIIME artifact ）之外，这些指标还需要一棵植根的系统树，将特征相互关联。该信息将存储在系统发育的QIIME 2 artifact中。为了生成系统树，我们将使用q2-phylogeny插件中的align-to-tree-mafft-fasttree。

1. 首先，管道使用mafft程序对FeatureData [Sequence]中的序列执行多序列比对，以创建FeatureData [AlignedSequence] QIIME 2 artifact。
2. 接下来，管道将遮罩（或过滤器）对齐以除去高度可变的位置。通常认为这些位置会给生成的系统发育树增加噪音。
3. 然后，管道应用FastTree从屏蔽的对齐中生成系统发育树。 FastTree程序会创建无根树，因此在本节的最后一步中，将使用中点生根将树的根放置在无根树中最长尖端之间距离的中点。

命令行

qiime phylogeny align-to-tree-mafft-fasttree --i-sequences rep-seqs.qza  --o-alignment aligned-rep-seqs.qza  --o-masked-alignment masked-aligned-rep-seqs.qza  --o-tree unrooted-tree.qza   --o-rooted-tree rooted-tree.qza

输出结果：

• aligned-rep-seqs.qza
• masked-aligned-rep-seqs.qza
• rooted-tree.qza
• unrooted-tree.qza