【1.0】alignment和mapping区别

最近看文献的时候，老是看到alignment和mapping，之前一直以为都是一回事，不就是比对么，有啥区别呢？

当我们align reads时，我们不仅要求它在基因组中可能出现的位置，而且还想知道它具体在具体是那些碱基匹配上。 例如，我们希望得到类似的结果，“Read foo 可能源自chr1位置123到140，前7个碱基是foo和参考之间的精确匹配，然后是3个碱基插入，然后剩下的碱基foo和参考匹配 。“

当我们map a read，我们只是问，“它来自哪里？” 但是，我们并不一定关心read与其来源之间的确切对齐。

直到最近，“alignment”和“mapping”几乎是同义词。 像Kallisto和Salmon这样的工具改变了这一点，因为他们可以将reads分配给基因/特征/任何东西，而无需查看精确的alignments。 由于（A）这个更快，而且（B）我们实际上并不关心alignments，这在某些应用中是一个巨大的优势。

个人解读

• alignment 更关注过程，更关注细节，具体是那些碱基匹配上
• mapping更关注结果，是否匹配上

参考资料

• https://www.biostars.org/p/180986/