【3.1.4】MAFFT多重序列比
一提到多重序列比对，很多人禁不住就想到ClustalW（Clustalx为ClustalW的GUI版），其实有一款多重序列比对软件-MAFFT，不论从比对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），还是比对准确性（MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW）来说，其相比于ClustalW（或ClustalX）有过之而无不及，所以这里强烈推荐使用MAFFT这款多重比对软件。
- MAFFT官方网站：http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/
- 支持平台：Mac OS X 、Linux、Windows
- EBI 也提供了mafft的在线服务 https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/mafft/
一、安装
二、使用示例
该软件的基本用法如下
mafft input > output
input为fasta格式的输入序列文件，output为fasta格式的输出结果文件。mafft 支持核酸和蛋白序列的多序列比对，内置了多种序列比对算法， 可以分为以下3大类别
- consistency based methods
- iterative refinment methods
- progressive methods
这三种类别的算法在准确度和速度上各有优势，对于运行速度而言，3>2>1;对于准确度而言，1>2>3。
2.1 consistency based methods
L-INS-I(最准确的方法。适合小于200条，且长度小于2000aa/nt的序列。)
mafft --maxiterate 1000 --localpair input > output
G-INS-I(适合序列长度相似的比对，小于200条，且长度小于2000aa/nt的序列。)
mafft --maxiterate 1000 --globalpair input > output
E-INS-I(适合序列仲包含较大的非匹配区域，小于200条，且长度小于2000aa/nt的序列。)
mafft --maxiterate 1000 --genafpair input > output
运行后的结果如下图。按照最长序列，把相应位置的aa标出来，有gap的地方，则用—补齐。
2.2 . iterative refinment methods
此类算法包含了FFT-NS-i, NW-NS-i 两种算法。
FFT-NS-i 用法如下
mafft --maxiterate 1000 input_file > output_file
NW-NS-i 用法如下
mafft --maxiterate 1000 input_file > output_file
2.3 progressive methods
此类算法包含了FFT-NS-1, FFT-NS-2 2种算法。 FFT-NS-1 用法如下
mafft --retree 1 input_file > output_file
FFT-NS-2 用法如下
mafft –retree 2 input_file > output_file
2.4 如果在比对时，不知道如何选取合适的算法，可以使用以下设置
mafft --auto input > output
软件会根据输入序列的特征，自动选择合适的算法。
2.5 输出
output的仍然是fa文件。到此，就完成了MAFFT的多序列比对了.
如果是直接导入MEGA,fa格式也是没有问题的，因为MEGA里是没有MAFFT这种比对方式的。如果是要用phy格式的话，就需要先转格式了，转格式的话，用seaView和mesquite都没有问题的，不过我是建议用seaView。
三、报错
四、讨论
4.1 比对结果渲染
- BoxShade https://embnet.vital-it.ch/software/BOX_form.html
- ESPript 彩色着色，在线网址： http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi
- TeXShade 自定义着色，详见日志： http://user.qzone.qq.com/58001704/blog/136788508
五、我的案例
参考资料
