【4.9.1】基于bam文件质量评估工具 qualimap

一、qualimap简介

qualimap可用于统计bam文件，输出结果包含可视化图形和详细统计信息，以及每条contig的mapping信息。

软件官网及案例：

http://qualimap.conesalab.org/ 案例 http://qualimap.conesalab.org/doc_html/samples.html#bam-samples

二、安装

wget https://bitbucket.org/kokonech/qualimap/downloads/qualimap_v2.2.1.zip

# 解压
unzip qualimap_v2.2.1.zip

# 进入软件目录
cd qualimap_v2.2.1
# 查看帮助信息
./qualimap -h

软件模块：

bamqc: 用于单个bam文件的QC统计

rnaseq: 用于转录组RNA-Seq样本的bam文件的QC统计

multi-bamqc: 用于多样本的bam文件分组QC统计

counts: 用于转录组数据计数的统计，用于量化表达水平

clustering: 用于表观遗传特征的聚类

comp-couts: 输入bam文件和注释文件，计算映射到每个区域reads的数量

三、运行

3.1. 执行bamqc模块命令

bamqc模块用于单个NGS样本bam文件的统计。

qualimap bamqc -bam sample.bam \  # 指定bam文件路径
                    -outformat PDF:HTML \  # 输出文件格式
                    -outdir out \        #输出文件目录
                    -nt 12 \             # 线程数
                    --java-mem-size=10G  #设置最大内存

程序运行结束后，统计信息在report.pdf文件中查看。

report.pdf中部分图表如下所示：

Summary - Globals

3.2. 执行rnaseq模块命令

rnaseq模块用于RNA-seq数据的bam文件的统计。

qualimap rnaseq -bam sample.bam \  # 指定bam文件路径
                    -outformat PDF:HTML \  # 输出文件格式
                    -outdir out \        #输出文件目录
                    -nt 12 \             # 线程数
                    --java-mem-size=10G  #设置最大内存

3.3. 执行multi-bamqc模块命令

multi-bamqc模块用于多样本NGS的bam文件的统计和比较。

qualimap multi-bamqc -r \ # -r指定输入bam文件
                    -d qualimap.list \     # 输入文件列表
                    -outformat PDF:HTML \  # 输出文件格式
                    -outdir out \        #输出文件目录
                    -nt 12 \             # 线程数
                    --java-mem-size=10G  #设置最大内存

其中输入文件列表qualimap.list有三列，每行一个样本，第一列样品名称，第二列 包含路径的bam文件/bamqc结果目录，第三列组名。

四、我的案例

qualimap bamqc -bam ${output}/${ID}/${ID}.bam -outdir ${output}/${ID}

参考资料

• https://zhuanlan.zhihu.com/p/613397485