【3.3.2】tablet可视化比对结果

软件官网：https://ics.hutton.ac.uk/tablet/

一、tablet安装

tablet可以用于基因组的可视化，例如可以查看拼接结果每个位点的细节信息，例如有多少位点覆盖以及每个位点具体的细节信息，还包括一些插入缺失的信息，通过tablet的可视化，可以用来评估拼接结果的准确性。tablet需要输入拼接基因组序列与测序数据与拼接结果比对的bam文件，输入的bam必须是排序建索引后的bam，同时拼接的基因组序列也需要建立索引，tablet工具支持windows，Linux，macos等多个版本。

图 1 tablet可视化基因组

二、使用

2.1 准备输入文件

#建立索引
minimap2 -d co92.min co92.fa

#比对
minimap2 -ax map-ont  co92.min ../4.filter/clean.filtlong.fq.gz >s1037.sam

#samtools处理
samtools sort -@ 4 -O bam -o s0137.sorted.bam s1037.sam
samtools index s0137.sorted.bam
samtools faidx s1037.fa

2.2 使用案例

1、将准备好的文件，至少四个，参考序列fasta格式及索引fai文件，比对并排序后的bam文件及索引bai文件；

co92.fna
co92.fai
co92.gff
s1037.sorted.bam
s1037.sorted.bam.bai

2、打开tablet，首先导入bam文件，然后导入fasta文件，索引文件无需导入，但必须与对应文件在同一目录下，（tablet对中文支持不好）；

3、可以通过鼠标调整显示模式；

4、tablet还支持导入gff格式结果，方便查看固定区域，（图中高亮区域）

参考资料

• https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI2MjA1MDQxMg==&mid=2649709966&idx=1&sn=fa1709234760362d33401e0cf22cb052&chksm=f24afa8dc53d739b5e59196c4ffc3fd8665195e6e82061ab75b54c378de4c94ad9bcb5825c93&scene=21#wechat_redirect