LillyMol

一、LillyMol的安装

安装要求:

  1. GCC >= 6.2.0 (我安装的9.2.0)
  2. zlib >= 1.2.11

(具体安装步骤参见博文gcc,zlib部分)

1.1 下载(c02服务器)

cd /data/software/lillymol
git clone https://github.com/EliLillyCo/LillyMol.git

(不知道是否是网速原因,git clone下载很慢。最后选择了直接下载zip文件,然后解压缩)

1.2 指定zlib路径

cd LillyMol-master/
vim makefile.public.Linux-gcc-6.2.0
#添加
ZLIB = /usr/local/zlib/lib  # zlib的路径

1.3 安装

makeall.sh (如果没有报错,则可跳过1.4)

1.4 分步骤安装

make veryclean
make copy_include
make library

报错1:

/data/software/lillymol/LillyMol-master/include/iwstring.h:15:10: fatal error: zlib.h: No such file or directory
   15 | #include "zlib.h"

解决办法:

cp /usr/local/zlib/include/zlib.h /usr/include/
cp /usr/local/zlib/include/zconf.h /usr/include/

报错2:

gfortran: Command not found

解决办法:

yum install gcc-gfortran ...   (这个办法不靠谱,安装的gfortran版本过低,导致了下面的报错)

报错2:

gfortran -c -o Linux-gcc-6.2.0/u3b.o u3b.f -O2  -DNDEBUG -DUNIX -mtune=haswell
f951: error: bad value (haswell) for -mtune= switch
make[2]: *** [Linux-gcc-6.2.0/u3b.o] Error 1
make[2]: *** Waiting for unfinished jobs....

解决办法:

重新安装gfortran,通过安装gcc的时候来指定gfortran的安装(具体办法见博文gcc的安装)

接着:

make library #重复报错的那一步

make copy_library
make exe
make copy_exe

1.5 修改环境变量

vim /etc/profile

export LILLYMOL_HOME=/data/software/lillymol/LillyMol-master/
export BUILD_DIR=Linux-gcc-6.2.0

二、用法

参考资料

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

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