smina

smina 是基于Autodock Vina的软件,主要聚焦于提升算法和最小化。主要的改变包括:

  • 通过OpenBabel提供能多的配体分子格式
  • 支持多配体文件
  • 增加术语类型(例如:去溶剂化能,静电势能)
  • 支持用户自定义得分参数和得分功能
  • 基于特异的结合配体自动计算盒子
  • 允许输出超过20个对接姿势
  • 提升了最小化算法
  • 如果配体不是pdbqt格式,那么在文件中需要局部电荷。完成这项工作在OpenBabel和AutoDock Tools中的prepare_ligand4.py脚本中会有不同的结果。

一 安装

静态编译文件提供了openbabel和boost(1.5.4),但是要求内核高于2.6.24

  1. boost 安装(见之前的博文,安装路径设置为/data/software/smina/library/)
  2. openbabel 安装(见之前的博文,安装路径设置为/data/software/smina/library/)

1.1 下载安装

下载地址: https://sourceforge.net/projects/smina/

cd /data/software/smina
git clone https://git.code.sf.net/p/smina/code smina-code

apt install git libboost-all-dev libopenbabel-dev build-essential libeigen3-dev # Ubuntu 14.04可以这么安装,centos yum如果没有这些库的话,则需要单独安装

cd smina-code/build/linux/release

vim Makefile

将 OPENBABEL_INCLUDE=/usr/local/include/openbabel3改成 OPENBABEL_INCLUDE=/data/software/smina/library/openbabel-2.4.1/include/openbabel-2.0

然后

make -j12   # 12表示这个命令使用12线路去执行,不过关键线程数不能超过电脑cpu的线程数

1.2 其他节点安装

smina已安装在C04,server,smina,tosmina程序在/data/software/smina/smina-code/build/linux/release

每个节点上都需要配置smina.conf:

vim /etc/ld.so.conf.d/smina.conf

/data/software/smina/library/boost-1.54/lib
/data/software/smina/library/eigen3/lib
/data/software/smina/library/openbabel-2.4.1/lib

cp /data/software/smina/smina.conf /etc/ld.so.conf.d/ ;ldconfig

然后使其生效 : ldconfig

最后每个节点,检查程序是否正常:

cd /data/software/smina/smina-code/build/linux/release
 ./server --help

二、 报错

报错1

g++  -ansi  -O3 -DNDEBUG -g  -I /usr/local/boost-1.54/include -I /usr/local/include/openbabel-2.0   -o smina main.o builtinscoring.o cache.o coords.o custom_terms.o everything.o flexinfo.o grid.o szv_grid.o model.o monte_carlo.o mutate.o my_pid.o naive_non_cache.o non_cache.o obmolopener.o parallel_mc.o parse_pdbqt.o pdb.o quasi_newton.o quaternion.o random.o ssd.o terms.o weighted_terms.o molgetter.o result_info.o PDBQTUtilities.o SminaConverter.o -l openbabel -l boost_iostreams -l boost_timer -lz -l boost_system -l boost_regex -l boost_thread -l boost_serialization -l boost_filesystem -l boost_program_options -l boost_date_time -L /usr/local/boost-1.54/lib

/usr/bin/ld: cannot find -lboost_iostreams
/usr/bin/ld: cannot find -lboost_timer
/usr/bin/ld: cannot find -lboost_system
/usr/bin/ld: cannot find -lboost_regex
/usr/bin/ld: cannot find -lboost_thread

找不到对应的库,因为gcc默认编译的时候,去/usr/lib, /lib ,/usr/lib64中找库。

vim ../../makefile_common

LIBS = -l openbabel -l boost_iostreams${BOOST_LIB_VERSION} -l boost_timer${BOOST_LIB_VERSION} -lz -l boost_system${BOOST_LI    B_VERSION} -l boost_regex${BOOST_LIB_VERSION} -l boost_thread${BOOST_LIB_VERSION} -l boost_serialization${BOOST_LIB_VERSION    } -l boost_filesystem${BOOST_LIB_VERSION} -l boost_program_options${BOOST_LIB_VERSION} -l boost_date_time${BOOST_LIB_VERSION}

改成:

LIBS = -l openbabel -l boost_iostreams${BOOST_LIB_VERSION} -l boost_timer${BOOST_LIB_VERSION} -lz -l boost_system${BOOST_LI    B_VERSION} -l boost_regex${BOOST_LIB_VERSION} -l boost_thread${BOOST_LIB_VERSION} -l boost_serialization${BOOST_LIB_VERSION    } -l boost_filesystem${BOOST_LIB_VERSION} -l boost_program_options${BOOST_LIB_VERSION} -l boost_date_time${BOOST_LIB_VERSION} -L /data/software/smina/library/boost-1.54/lib

然后让这些动态库可以被发现:

ldconfig
ldconfig -p |grep boost

能够看到 boost_iostreams

vim /etc/ld.so.conf.d/smina.conf

/data/software/smina/library/boost-1.54/lib
/data/software/smina/library/eigen3/lib
/data/software/smina/library/openbabel-2.4.1/lib

接着找一下这个库;

[sam@c04 release]$ ldconfig -p |grep boost_ios
        libboost_iostreams.so.1.53.0 (libc6,x86-64) => /lib64/libboost_iostreams.so.1.53.0
        libboost_iostreams-mt.so.1.53.0 (libc6,x86-64) => /lib64/libboost_iostreams-mt.so.1.53.0

用已有的libboost_iostreams.so.1.53.0冒充libboost_iostreams.so.1.54.0:

cp /lib64/libboost_iostreams.so.1.53.0 /data/software/smina/library/boost-1.54/lib/
cd /data/software/smina/library/boost-1.54/lib
ln -s libboost_iostreams.so.1.53.0 libboost_iostreams.so

报错2

[sam@c04 release]$ g++  -ansi  -O3 -DNDEBUG -g  -I /usr/local/boost-1.54/include -I /usr/local/include/openbabel-2.0   -I ../../../src/lib -o server.o -c ../../../src/server/server.cpp
In file included from ../../../src/server/MinimizationQuery.h:13:0,
                from ../../../src/server/QueryManager.h:16,
                from ../../../src/server/server.cpp:13:
../../../src/server/Reorienter.h:14:29: fatal error: eigen3/Eigen/Core: No such file or directory
#include <eigen3/Eigen/Core>
                            ^
compilation terminated.

需要安装eigen3。具体见之前博文

参考资料

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

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