【2.1.1.1】somatic和germline突变

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Somatic也即体细胞突变，一个细胞只要分裂，就存在突变的可能性，但频率不会很高。突变是不遗传的，在研究方法上主要偏重采集癌症组织和正常组织进行比较得到结果（在Call Somatic mutations 的时候最好有同一个体的正常组织进行参照）。从研究意义上来讲，Somatic更偏重于单个患者的癌症分型和发病机理的研究

Germline的mutations 其实是来自上一代，这种mutation会随着个体整个胚胎发育过程存在，而在研究方法上，Germ-line 的 mutations 在家系分析中占有重要角色，对很多遗传病（其中包括遗传型“肿瘤”）的研究中占有重要地位。在测序过程中，除了个体测序之外，还会加上个体的家属一同测序。病理分析时也会考虑家族背景的影响。

对于遗传性癌症，一般关注germline突变；对于后天导致的癌症，一般关注somatic突变

二、怎么知道是体细胞突变？

要判断VCF文件中的突变是体细胞突变还是种系突变（germline mutation），通常需要以下步骤：

1.样本对比

配对样本：如果你有来自同一患者的肿瘤样本和正常样本，可以通过对比两者的突变情况来判断体细胞突变。体细胞突变应该只在肿瘤样本中检测到，而不在正常样本中出现。

2.突变频率

等位基因频率（Allele Frequency, AF）：体细胞突变通常会显示较低的等位基因频率，因为并非所有的肿瘤细胞都携带该突变。相对而言，种系突变通常会有接近50%或100%的等位基因频率，具体取决于突变是否为杂合或纯合。

3.数据库对比 公共数据库：查询常见的germline突变数据库（如1000 Genomes Project、ExAC、gnomAD等），如果突变在这些数据库中频繁出现，可能是种系突变。如果突变不在这些数据库中或频率极低，可能是体细胞突变。

4.过滤体细胞突变 Mutect2 和 Strelka2 等体细胞突变检测工具：这些工具专为检测体细胞突变设计，能有效区分体细胞突变和germline突变。

5.遗传变异注释工具

AnnoVar、SnpEff、VEP 等注释工具可以为你提供突变的更多背景信息，包括是否为已知的体细胞突变或种系突变。

6.分布模式

家系研究：如果你有家系数据，种系突变应该会在家系的多个成员中观察到，而体细胞突变通常只在一个个体（特别是在肿瘤样本）中发现。

7.样本来源

来源判断：如果VCF文件是从肿瘤样本中生成的，那么大多数突变可能都是体细胞突变；如果是来自正常组织样本，突变更可能是种系突变。 通过结合上述方法，你可以更准确地判断VCF文件中的突变是体细胞突变还是种系突变。

参考资料

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