【5.2】基因组浏览器绘制--BedGraph

一、特点及适用场景：

• 存放区间的坐标轴信息和相关评分(score)的文件，主要用于存储稀疏，不连续的数据
• 后缀名.bedGraph
• 一般UCSC不建议采用该格式作为基因组浏览器输入文件，因为考虑到数据集大小与索引构建，都不如 bigwig 更高效，尤其在如果bedGraph数据集非常大（超过5000万行 ），推荐转为 bigwig 文件
• 使用WigTobigWig将 bedGraph 转换为bigWig 文件，文件格式转换详解
• 需要注意 bedGraph 文件不能转换为 wig 文件

二、格式

一共包含四列：

chromA chromStartA chromEndA dataValue

分别为：

• 染色体号
• 起始位点：染色体坐标从 0 开始，这意味着第一个染色体位置为0，而长度为N的染色体的最后位置将为N-1。
• 终止位点
• 数据值：数据值可以是整数或实数，正值或负值。输入数据中列出的位置必须按数字顺序，并且仅会绘制指定位置的图。

参数

track type=bedGraph name=track_label description=center_label
visibility=display_mode color=r,g,b altColor=r,g,b
priority=priority autoScale=on|off alwaysZero=on|off gridDefault=on|off
maxHeightPixels=max:default:min graphType=bar|points viewLimits=lower:upper
yLineMark=real-value yLineOnOff=on|off
windowingFunction=maximum|mean|minimum smoothingWindow=off|2-16

三、例子

3.1、bedGraph 文件

下面的文件可以描述为：

在第19号染色体的49,302,001到49,304,701区域的三个轨迹中指定9个独立的数据点。

browser position chr19:49302001-49304701
browser hide all
browser pack refGene encodeRegions
browser full altGraph
#	300 base wide bar graph, autoScale is on by default == graphing
#	limits will dynamically change to always show full range of data
#	in viewing window, priority = 20 positions this as the second graph
#	Note, zero-relative, half-open coordinate system in use for bedGraph format
track type=bedGraph name="BedGraph Format" description="BedGraph format" visibility=full color=200,100,0 altColor=0,100,200 priority=20
chr19 49302000 49302300 -1.0
chr19 49302300 49302600 -0.75
chr19 49302600 49302900 -0.50
chr19 49302900 49303200 -0.25
chr19 49303200 49303500 0.0
chr19 49303500 49303800 0.25
chr19 49303800 49304100 0.50
chr19 49304100 49304400 0.75
chr19 49304400 49304700 1.00

2、粘贴上面的代码，点 Submit

https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgCustom

3、绘制轨迹

上面的示例是一个定制轨迹，其中包括track type=一行特定于在浏览器中加载数据的行。

此行将导致原始bedGraph数据文件无法通过validateFiles浏览器外部的其他工具进行验证。

参考资料

• https://zhenglei.blog.csdn.net/article/details/109369089
• https://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/bedgraph.html