【2.1.5.1】VMD看amber结果
本教程旨在向您介绍如何将VMD与AMBER一起使用，介绍如何加载AMBER轨迹文件和inpcrd文件以及如何处理数据。它并非旨在全面涵盖VMD中存在的所有许多功能。
一、介绍
可视分子动力学（VMD），可从 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 获得，它是一种功能强大且功能丰富的分子可视化程序包，可使用3-D显示图形和内置脚本，设置动画和分析大型生物分子系统。它的发展由国家卫生研究院（National Institute of Health）在克劳斯·舒尔滕（Klaus Schulten）的指导下提供资金。它对学术研究人员免费提供，注册后可以从上面的链接下载。
VMD是用于可视化AMBER软件套件的pmemd模块产生的结果的理想工具。但是，它的使用在其他地方并不直观。因此，设计本教程的目的是简要介绍如何可视化和操纵从AMBER仿真产生的轨迹。
本教程基于VMD v1.8.3，在撰写本文时（2005年6月3日）是最新版本。已针对VMD v1.9.2更新。如果使用其他版本的VMD，则可能会发现某些功能不可用或界面略有不同。但是，仍然有可能完成本教程的绝大部分。
本教程还假定您正在使用Linux。如果您的操作系统不同，则某些布局和/或过程可能会略有不同。
本教程包括九个部分：
- section1.htm：加载VMD和自定义初始窗口布局
- section2.htm：加载PDB文件
- section3.htm：更改表示形式
- section4.htm：加载AMBER inpcrd和restrt文件
- section5.htm：对准分子并测量RMSD
- section6.htm：可视化amber轨迹
- section7.htm：保存单个坐标集
- section8.htm：在轨迹过程中跟踪系统参数
- section9.htm：制作电影
二、常用的操作
2.1 加载VMD和自定义初始窗口布局
在我们开始研究一些AMBER轨迹之前，您应该确保VMD已正确安装在您的计算机上并且可以正常工作。 发出命令“ VMD”时，它应该加载而不会出现错误消息。 如果无法使VMD正常工作，请访问VMD网站以获取更多信息。
让我们从自定义VMD的启动方式开始，以便我们拥有相似的显示布局。 （如果您有信心在VMD上导航，则可以跳过此步骤。）
由于大多数人将使用单个显示器来运行本教程，因此我们将逐步为单个显示器创建启动脚本。
VMD的初始布局由名为.vmdrc的文件控制。 这是一个 .vmdrc 文件，您可以使用它来获取我认为是良好的初始布局。
vmdrc
# turn on lights 0 and 1
light 0 on
light 1 on
light 2 off
light 3 off
# position the stage and axes
axes location off
stage location off
# position and turn on menus
menu main on
menu graphics on
menu files on
menu main move 5 196
menu graphics move 5 455
menu files move 800 750
display projection orthographic
如果您的主目录中有一个名为.vmdrc的文件（请使用cd〜，ls -la检查），请将其删除或重命名。然后将上面的文件另存为您的主目录中的“ .vmdrc”。 （请注意vmdrc之前的点）。
该文件由VMD在加载时自动获取，并执行多项操作。首先，它打开灯0和1。然后关闭轴。我觉得这会创建一个更清洁的OpenGL窗口。它还将显示投影模式设置为正交，在我看来，当在没有精确的4：3比例的屏幕上旋转时，例如，在屏幕上旋转时，可以提供更好的深度感知和更少的失真。我的屏幕分辨率为1280x1024。最后，它打开主菜单，图形菜单和文件菜单。然后将它们移动到屏幕上合适的位置。注意：这是为1280x1024的屏幕分辨率设计的。如果分辨率不同，则可能需要使用3条移动线上的数字来获得合理的布局。
现在运行VMD，它应该具有类似于以下内容的布局：
>vmd
我们现在准备尝试加载一些分子。
2.2 载入PDB文件
可以从蛋白质数据库中获取的PDB文件，可以通过以下两种方式之一加载到VMD中。 您可以在命令行中指定它们，例如：
vmd my_structure.pdb
或者，您可以通过“分子文件浏览器”加载它们。 让我们尝试使用后一种情况加载肝脏酒精脱氢酶（LADH）。 这是LADH的pdb（ 1LDY.pdb ）。 注意：您可能需要右键单击此链接，然后选择另存为。 如果尚未启动，请通过单击“文件”->“新分子”打开“分子文件浏览器”窗口。
然后选择浏览并查找您刚刚保存的1LDY.pdb文件。 接下来，选中“确定文件类型”框以确保其显示为PDB。 永远不要信任VMD来获得正确的结果，尤其是在加载AMBER轨迹时。 然后点击Load，然后弹出四聚体LADH：
默认情况下，鼠标将处于“旋转”模式。 在鼠标指针位于“ Open GL”显示屏内的同时按住鼠标左键，可以旋转分子。 鼠标还有两种其他模式：“平移”（使分子在窗口平面内移动）和“缩放”（Scale）使您可以放大和缩小分子。 您可以通过两种方式访问这些模式。 第一种是通过鼠标菜单：
第二种方法（可能是更方便的方法）是使用“鼠标菜单”右侧显示的键盘快捷键：
（r）=旋转模式 （t）=Translate Mode （s）=缩放模式
当鼠标悬停在“ OpenGL”窗口上方时，按“ s”，然后在按住鼠标左键的同时左右移动鼠标。 按“ r”返回旋转模式。 如果有任何麻烦，请单击“显示”->“重置视图”以返回到默认视图。
2.3 更改表示形式
现在我们已经掌握了操作分子视图的基础知识，接下来要看的是如何更改表示形式。 这是通过“图形表示”窗口完成的。 如果尚未打开，请单击“图形”->“表示”以将其打开。
默认情况下，“选定分子”将是您打开的最后一个。 在这种情况下，分子0：1LDY.pdb（注意：VMD从零开始。这也适用于残基，例如残基0实际上是残基1 ！！！）。 通过单击所选分子旁边的向下箭头，您可以更改我们要应用更改的分子。 在这种情况下，我们仅加载一个分子，因此它是默认值。
让我们先从显示屏上去除水域。 如果您现在看显示屏，将会看到所有这些小红点。 这些是pdb文件中结晶水的氧原子。 我们可以通过更改选定原子框将它们从当前表示中删除：
将所选原子框中的“all”替换为“all not water”，然后单击“应用”。 红点应消失。 尽管此示例可能看起来并不惊人，但在查看显式溶剂计算时却非常有用，因为水分子常常会使您感兴趣的蛋白质或系统模糊。 接下来，我们将视图更改为卡通视图，以便我们可以更清晰地看到结构。
在Coloring Method中，选择“Secondary Structure”。 这将使颜色变成一种颜色，其中不同的残基将根据其所属的二级结构而具有不同的颜色。 接下来，从“Drawing Method”框中选择“Cartoon”。 （如果您使用的是v1.8.3或更高版本，也可以尝试“ NewCartoon”）。 现在，您的显示应如下所示：
接下来，我们将突出显示此蛋白质中的NADH辅酶分子，以便我们可以看到它们。 为此，我们将为此分子创建第二个表示形式，并仅选择名称为NAD的那些残基。 因此，在“Graphical Representations”窗口中，单击“Create Rep”，您将获得另一个与原始表示相同的表示。 接下来单击选择选项卡：
在这里，我们可以在“Selected Atoms”框中选择所需的选择。 注意，如果我们知道想要什么，我们也可以像在去除水的过程中一样简单地在此框中键入内容。 因此，让我们仅选择名称为“ NAD”的残基。 首先，删除“Selected Atoms”框中的文本。 然后双击resname（这会将resname添加到“所选原子”文本框中）。 然后向下滚动值列表，然后双击NAD。 然后点击“应用”。 现在我们可以回到“绘制样式”选项卡：
就目前而言，我们分子的表示并未发生多大变化。 这是因为Draw样式仍设置为Cartoon。 让我们将其更改为CPK，以便可以看到NADH残基。 第1步：确保两个表示形式中的第二个都如上所述突出显示-我们不想将整个蛋白质更改为CPK，因为这确实会伤害眼睛（如果您不相信我，请尝试一下）…
接下来，将“Coloring Method”更改为“Name”，将“Drawing Method”更改为CPK。 然后点击“应用”。 您现在应该可以看到4个NADH残基。 因此，我们有一个四聚体。 好吧，实际上我们附近有两个二聚体。 如果旋转蛋白质，您将可以看到两个二聚体之间显然存在溶剂填充的空隙。 您可以通过双击制图表达列表中的名称来暂时关闭这两种制图表达：
尝试一下，双击选择“all not water”的那个。 您应该只剩下NADH残基。
再次双击它，您将得到蛋白质。
现在：看看您是否可以算出如何仅显示具有单个NADH残基的蛋白质的链A：
提示：您将需要同时修改两个表示形式的选定原子。 您还将需要’and’关键字。
2.4 加载AMBER rst7和restrt文件
让我们删除当前分子，然后尝试查看xleap或sander创建的AMBER rst7或restrt文件。 首先去除LADH分子。 在“ VMD Main”窗口中，右键单击1LDY.pdb文件名，然后选择“ Delete Molecule”。 您可能必须先左键单击以选择它。
接下来，我们将打开我使用xleap创建的prmtop和rst7文件。不用担心这些文件是如何创建的。这将在以后的教程中介绍。这是您将需要的两个文件：TRPcage.prmtop，TRPcage.rst7。
加载AMBER结构与加载pdb文件的方式略有不同，因为实际上有两个文件。第一个文件是prmtop或拓扑文件。这与分子中原子的位置无关，它仅定义了每个原子是什么，与原子键合的对象以及每种原子类型的参数。另一方面，rst7文件仅列出了一组坐标，但没有提及原子。因此，我们需要这两个文件来加载结构。让我们先看一下pdb视图的局限性之一。这是我使用ambpdb创建的TRPcage结构的pdb。 （TRPcage.pdb）。
我使用xleap的sequence命令手动创建了这种结构，因此它的质子和残基侧链位置非常差。将pdb加载到VMD中，然后查看得到的内容。它看起来应该不错。但是，请尝试放大中央色氨酸残基。你看到了什么？
如果除去其他残基，可能会更容易了解发生了什么。在“Selected Atoms”下的“Graphical Representations”中，输入“all within 5 of resname TRP”。这只会显示位于称为TRP的残基5埃内的原子。在那里，还要选择CPK作为绘图方法。接下来，在“ VMD Main”窗口中单击“ Mouse”菜单，然后单击“ center”。这使我们可以更改旋转中心。现在单击tryptophan的backbone nitrogen 。现在，当您旋转时，它应该围绕此原子旋转。 （按r返回旋转模式）。
那些奇怪的bonds是什么？我们有一个带有3个键的质子。当然，模拟不是以这种方式设置的。确实不是。但是我创建的pdb中没有bond信息。这样，VMD根据原子之间的距离添加了键。由于这是一个“非常”糟糕的起始结构，因此有许多原子非常紧密地结合在一起，因此VMD将它们全部结合在一起。因此，查看pdb文件不会告诉您Amber将使用的bond在哪里。为了查看Amber如何处理该分子的键合，我们必须使用prmtop文件。
因此，删除此分子，以便我们可以加载一个prmtop。加载AMBER prmtop文件时，重要的是要知道是拥有新格式的prmtop文件（使用AMBER7或更高版本创建）还是旧的文件（使用AMBER 6或更早版本创建）。我在上面给您提供的prmtop是一种新格式。因此，转到分子文件浏览器并浏览prmtop文件。现在，在“Determine file type”下，选择“ parm7” [vmd1.8.3]或“ AMBER 7 Parm” [vmd1.8.4及更高版本]。这表示新的prmtop格式（parm表示旧格式）。点击加载。
发生了什么事吧？这是因为prmtop文件不包含坐标。但是，它应该已经创建了一个名为“ TRPcage.prmtop”的新结构容器。现在，通过确保在Molecule File Browser的“Load files for:”中选择了该分子，我们可以将任何数量的结构加载到该分子中。
现在我们可以或多或少地将任何分子格式加载到该分子中。 如果将pdb文件加载到该分子中，我们将获得与以前相同的键，但是这次的bond将是prmtop文件中定义的绑定。 试试吧。 我们还可以将rst7文件（由LEaP创建）或restrt文件（由sander创建）加载到该分子中。 为此，我们浏览文件（TRPcage.rst7），然后选择“ rst7” [vmd1.8.3]或“ AMBER7 Restart” [vmd1.8.4]作为文件类型。 确保在““Load files for:”框中选择了TRPcage.prmtop，然后单击“加载”。
现在bond应该看起来好多了。但是，这仍然太过紧张，无法运行MD，因此我通过使用sander为您minimized了它。这是最小化结束时的restrt文件。 （TRPcage.ncrst）。
我们可以将其加载为新分子（通过再次加载prmtop文件）或作为当前分子中的新框架。我想同时看到两个分子，因此我将其作为新分子加载。因此，再次转到“Molecule File Browser”窗口，然后在“Load files for:”框中选择“New Molecule”。现在，单击“Browse”按钮并浏览以查找TRPcage.prmtop文件。选择“ AMBER7 Parm”作为类型，然后单击“加载”。现在，再次单击浏览，找到TRPcage.ncrst文件。选择“ AMBER7 Restart”作为类型，然后单击“加载”。现在，您应该在“ OpenGL”窗口中显示两个分子。他们将非常相似。为了查看它们之间的差异，让其中一个颜色为蓝色。
转到“Graphical Representation”窗口，然后在“Selected Molecule”下选择列表中两个中的第一个TRPcage.prmtop。这应该是我们的初始（最小化）结构。然后在“着色方法”下选择“ ColorID”，然后在其右侧的框中选择0。您应该看到“ OpenGL”窗口中的一个分子变为蓝色。现在，您可以放大此视图并查看两种结构之间的差异。
正如您可能已经猜到的那样，最小化已将色氨酸从主链上扭转开来，避免了我们之间真正不良的氢接触。 我们可以计算最小变化的RMSD吗？ 我们可以使用AMBER的cpptraj命令执行此操作，但是也可以使用RMSD扩展名在VMD本身中执行此操作。
2.5 对准分子并测量RMSD
我们分两个阶段进行RMSD拟合。 首先，我们对齐两个分子，然后测量对齐的结构之间的RMSD。 对齐实际上涉及RMSD拟合，但实际值未打印到屏幕上。 为了说明对齐方式是如何工作的，首先让我们自己旋转一个分子。 为此，我们可以从第一个分子中删除“ Fixed”标志。 我们通过双击“ VMD Main”窗口中分子旁边的字母F来执行此操作。 当您双击它时，它应该变成黑色：
然后，当您返回“ OpenGL”窗口时，您应该发现只有第二个结构（我们最小化的一个）旋转。 现在，旋转分子，使其不再与第一个分子对齐，如果需要，您也可以对其进行平移：
现在，再次双击第一个分子上的F标志，以使其不再固定。现在，您将发现这两个分子一起旋转，很难看到它们之间的结构差异。例如，如果加amber轨迹和晶体结构，通常会得到此结果。它们几乎永远不会具有相同的原点或轴定义，因此您无法直观地比较这两个分子。现在，我将向您展示对齐两个分子的快速方法。不幸的是，我们需要加载一个坐标已移位的新文件才能进行对齐（如果我们不这样做，只是尝试按照当前的方式进行对齐，VMD实际上不会重新对齐两个分子）。
这是我在x方向上偏移了2埃的结构（TRPcage_shifted.ncrst）。
现在，要确保我们位于同一位置，请退出VMD，然后重新加载它。
加载TRPcage.rst7结构。记住要先加载prmtop，选择AMBER7 Parm作为类型。然后选择“Load files for: New Molecule ”并加载prmtop，然后将TRPcage_shifted.ncrst结构加载为AMBER7 Restart。然后转到“Graphical Representations”，并将第一个分子（0：TRPcage.prmtop）的颜色更改为ColorID0。现在的显示应如下所示：
如您所见，这两个结构不再对齐，很难比较它们。
在VMD的早期，您必须使用AMBER的ptraj手动对齐两个分子，然后才能在VMD中打开它们。 确实，您仍然可以使用ctratraj（ptraj的更新版本）来执行此操作，并且在某些情况下（当您要做的事情非常复杂，或者希望将RMSD作为时间的函数时，等等），您将需要使用 cpptraj。 但是，通常您只是想进行快速比较，因此可以使用VMD的RMSD计算器。 要访问此选项，请单击Extensions->Analysis->RMSD Calculator。 请注意，这是一个部分，在各个版本之间进行了很大的更改，因此您的选择可能与我的略有不同：
这将打开以下窗口：
我们需要做的第一件事是在文本框中输入我们要填充的残基。比对将在整个分子上进行，但实际计算将根据我们指定的内容进行。在这种情况下，我们要适合所有残基，因此在窗口顶部的文本框中输入“ all”。接下来，我们只希望针对骨架原子（C，CA和N）进行RMS拟合，因此确保选择“Backbone only”。接下来，我们需要确保选择了正确的分子。我将首先点击“Erase from list”按钮，直到所有分子从列表中删除为止。下一个命中“All in memory”。这将添加我们当前已加载的两个分子。接下来，we need to select what we want to fit and what we want it to fit to。因为这里我们只有两个结构，所以这确实是很容易的，但是即使如此，我们还是将第二个结构（最小化的结构）fit第一个结构。点击选定 Selected tab，这应该取消选择顶部。接下来，单击分子列表中的第一个分子以将其选中：
现在，如果我们此时点击RMSD，我们将获得两个结构之间的RMSD，目前，当我们旋转和平移其中一个结构时，它们是非常不同的。 尝试一下，按一下RMSD按钮。 您应该达到2.2埃左右。 这是因为一个偏移了另一个2埃。 现在单击“对齐”按钮。 您应该看到两个分子在“ OpenGL”窗口中对齐。 如果现在单击RMSD，您将在两个分子的主链原子之间获得正确的RMSD。 在这种情况下，约为0.57埃。 此值是最小化的典型值。
本教程的最后阶段是如何加载AMBER轨迹文件，以便我们可以观察结构随时间变化的“电影”。
2.6 可视化AMBER轨迹
注意：不幸的是，VMD尚无法加载压缩（压缩）的轨迹文件，因此，当您下载我在此处提供的nc.gz文件时，必须先解压缩然后使用gunzip，然后再将其加载到VMD中。
让我们首先加载一些轨迹文件，这些文件覆盖上面所示的TRPCage扩展结构的分子动力学模拟的前10ps。 这些模拟是使用Sander v8.0运行的。
以下是您需要的文件：TRPcage.prmtop（128 kb），heat1.nc.gz（510 kb），heat2.nc.gz（515 kb）
首先解压缩两个轨迹文件：
>gunzip heat*.nc.gz
如果VMD正在运行，请退出它。 这样，我们应该从同一点开始。 加载VMD并浏览以找到TRPcage.prmtop文件。 选择AMBER7 Parm，然后单击Load。 在这个结构中，我们将一个接一个地加载两个轨迹文件。 因此，加载第一个，浏览heat1.nc，然后选择“ AMBER Coordinates”作为类型并单击Load。
注意：有两种与amber轨迹（nc）文件相关的类型。 这些是“AMBER Coordinates”和“AMBER Coordinates with Periodic Box”。 两者之间的区别在于轨迹文件是来自气相/隐式溶剂/溶剂上限模拟（AMBER坐标）还是来自周期性模拟（AMBER Coordinates with Periodic Box）。 当sander从具有周期性边界的模拟运行中写入nc文件时，它会在每个帧的末尾写入额外的3个浮点数，它们是框的大小。 VMD不够智能，无法确定它是什么类型的轨迹文件，因此我们需要告诉它。 在这种情况下，我们需要进行隐式溶剂计算，因此请选择“AMBER Coordinates”。 您经常可以分辨出是否选择了错误的格式，因为看起来很奇怪。 随时尝试。 如果确实加载了看起来很奇怪的模拟，请尝试删除分子并重新加载，然后选择其他格式：
如果正确加载，则应该看到TRPcage结构出现在OpenGL窗口中并开始移动。 接下来，再次单击浏览，然后找到heat2.nc。 以相同的方式加载它（不需要重新加载prmtop文件）。 确保在“Load files for:”框中选择了TRPcage.prmtop。 这会将heat2中的帧添加到我们已经加载的帧中。 这样，您可以将多个不同的轨迹集加载到单个动画中，从而可以无间断地观看整个轨迹。 您现在应该已加载400 frames TRPcage。 从0K到100K，这涵盖了10ps的加热。 尝试重播轨迹。 您可以在“ VMD Main”窗口中使用影片控件：
2.7 保存一组坐标
现在我们加载了轨迹，将帧300保存为pdb文件。 首先，我们必须确保在窗口中显示了第300帧。 VMD从零开始编号所有内容，因此实际上是“ VMD speak”中的第299帧。 通过在VMD主窗口中拖动栏旁边的文本框中键入frame号，我们可以轻松跳转到特定frame。 现在就试试。 输入299，如下所示，然后按Enter。
这就是我们要保存的结构。
接下来单击“Molecule”名称。具有T A D和F标志的文本行。 这应该以绿色突出显示该行。 然后单击File->Save Coordinates… .，将出现以下窗口：
该工具实际上将使我们能够将整个轨迹另存为其他类型，例如 Binpos甚至pdb。 VMD会将轨迹的每一帧保存为一个新分子，保存在单个pdb文件中。 但是，如何解释这样的pdb文件似乎模棱两可。 某些程序（例如RasMol）会将所有分子加载在一起并覆盖它们，而其他程序（例如VMD）会将每个分子加载为轨迹中的框架。
出于我们的目的，我们只想将一个框架保存为pdb文件。 因此，首先在“选定的原子”框中键入all，这会将所有原子保存在我们的结构中。 接下来在文件类型下选择pdb。 最后，在“Frames box”中选择“第一帧（ First frame ）”为299，选择“最后一帧”为299：
最后，点击保存并使用您选择的文件名保存文件。 这是您应该获得的pdb文件：（ frame_300.pdb）。如果需要，可以随时将其重新加载到VMD中。
2.8 在轨迹过程中跟踪系统参数
在本教程中，我们还有两个有用的内容。 首先是使用VMD的标签工具来观察两个原子之间的距离在我们的轨迹中如何变化。
首先让我们当前加载的轨迹更漂亮。 单击Graphics->Representations 以调出“Graphical Representations”菜单（如果尚未启动）。 接下来，单击“Create Rep”，然后将 Drawing method更改为“Ribbons”，将Coloring method更改为“ ResType”。 然后再次点击“ Create Rep”，将 Drawing method更改为“ H bonds”，然后将“ Line width”更改为3，以便于查看。 同时将“Distance Cutoff”更改为4.2埃。 对于被认为是规则的氢键来说，这有点长，但这只是出于演示的目的，因为该轨迹不够长，无法形成任何真实的氢键。 现在，您的窗口应如下所示：
现在，所检测到的氢键将在所涉及的两个原子之间以虚线显示。 如果您浏览轨迹，您会发现它们是在各个地方形成的，然后被折断，然后重新形成。 这样，您可以直观地跟踪轨迹上氢键的存在。 请注意，如果这是一个显式的溶剂模拟，您可能希望将我们拥有的3种表示形式中的每一种的选定原子从“all”更改为“all not water”。 对于HBonds案尤其如此。 否则，您将被所有氢键水分子之间的虚线所淹没。
最后，我们将在肽链的两个末端之间添加一个键标签。 通过我们的模拟，这将允许我们监控链末端之间的距离。 转到“ VMD Main”窗口，然后选择Mouse-> Label-> Bonds。 这会将鼠标左键操作更改为bind选择。
然后转到“ OpenGL”窗口，然后在肽链的每一端单击一个原子。 您应该看到一条虚线，并显示它们之间的距离。 如果发现错误，可以使用Graphics->Labels 工具删除标签，以便再次创建标签。 注意：键，角和二面体标签选项实际上并不涉及键，角和二面体。 您添加的标签实际上不必在键合原子之间。 键表示任意两个原子之间的距离（以埃为单位），角度表示任意3个原子之间的角度（以度为单位），二面角表示任意4个原子之间的二面角（以度为单位）。
现在浏览轨迹，您应该看到值变化，并且TRPcage肽开始折叠。 我们在这里并没有真正了解该系统，但这只是为了向您展示VMD可以做的一些事情。 在更长的生产模拟中，我们可以学到更多并测量更多相关参数。
2.9 制作电影
最后，让我们学习如何创建具有轨迹的电影，以便我们可以在谈话中使用它。 注意，由于各种压缩编解码器的兼容性，这可能不适用于所有系统。 但是，请在您的系统上尝试一下，看看如何进行。 通过单击Extensions->Visualization->Movie Maker.。
这里有很多可用的选项。我不会尝试涵盖所有选项，有关更多信息，请参见VMD网站。在此示例中，我将仅一步步创建一个简单的轨迹电影。首先选择合适的工作轨迹。此处的屏幕截图来自VMD的Unix版本。在Mac和Windows中，它看起来可能略有不同。
接下来输入电影的名称，例如TRPcage。接下来，我们需要根据所需的帧数选择影片的持续时间。电影将以每秒24帧的速度播放。 （ Format->Change Compression Settings for the frame rate）。因此，400帧将为我们的电影提供大约16秒的时间，这是合理的。如果我们希望它持续约8秒钟，我们可以将帧数减少到200，然后渲染其他所有帧。另外，我们可以将其设置为32秒，以获得800帧电影。电影长度是您应始终考虑的问题，因为它需要与您的讲话兼容。因此，在“Movie duration (seconds):”框中输入16。我们希望轨迹的每一帧，所以步长保持为1。
接下来，我们只想遍历轨迹，因此选择 Movie Settings->Trajectory。 然后在“格式”下选择“ MPEG-1”。 这将创建MPEG-1格式的视频文件。 如果需要，一定可以使用AVI格式播放。
然后点击"Make Movie”。 希望大约3分钟后，您应该在工作目录中找到一个电影文件。
这是TRPcage.mpg（2.9 mb）
本教程到此结束。 希望这为您提供了使用VMD查看和分析AMBER文件和轨迹所需的知识。 但是请记住，关于VMD可以做什么，我们甚至还没有scratched the surface。 如果您访问VMD网站，则会发现更多有关VMD中更高级功能的信息。
参考资料
