【3.4.6】gromacs的GMX

GMX.1 参数概述

根据GMX手册预告，所有GMX的程序都有6个标准参数，其中有的是隐藏的（参数太多，吓死人）。此六个参数及其作用罗列如下：

-h:
在屏幕上打印该GMX程序的帮助信息，并退出程序。就是不使用这个参数，任何GMX程序运行时，都会打印很多信息，包括GMX的软件消息，简短的协议，还有各个参数的输入等。
-hidden:
打印隐藏的命令参数。
-quiet:
打印尽可能少的信息，所有参数输出被忽略，所以很quiet。
-man:
以指定文件格式，打印程序的手册到指定文件中。支持的文件格式有html, tex, nroff, acsii, completion, py 和 xml. （真怀疑开发人员怎么不被这么多文件格式给烦死，牛人。）
-debug:
输出程序的调试信息。这个对终端用户不是很有用，输出文件一般为core加一串数字。
-nice:
设置程序的优先级。一般忽略，相信聪明可爱的计算机。

以下为GMX一些其他介绍：

1、GMX编译过程中，如果使用Motif或者Lesstif图形包，那么可以使用 -X 参数得到一个编辑各个参数输入的图形界面。如果没有使用以上图形包，使用该参数会报错。

2、在SGI-IRIX系统上编译的GMX，可以使用 -npri 参数设定无阻塞（non-blocking）优先级。

3、可选参数的如无指定文件，那么就不会有输出文件（不然垃圾文件太多）。但是必选参数的输出文件一定会输出，如果指定按照默认文件明输出。

4、所有的GMX程序都接受无文件后缀名的文件，并自行补全文件名。如果不指明输入文件命，程序会自动在当前目录下搜索默认文件名。如果有多个同名不同文件类型的输入，那么第一个支持类型文件会被使用。（相信很多人一般不至于懒惰到这个程度，连个文件名都不给人家程序。）

5、几乎所有GMX程序（不包括 mdrun、nmrun 和 eneconv）都会先检查输入参数是否合法（重复参数等），如出错程序自动退出。

6、枚举参数（enum）必须为指定类型之一。

7、矢量输入必须文一个或者三个数值，如果指定一个数值，那么其他两个与指定数值一致。

8、多数GMX程序都可以使用 -tu 参数来指定时间单位，如 ps、fs、ns等等。这个多数应用与分析输出，成图等。

9、所有GMX程序可以直接读取 g-zipped 压缩文件，xtc、trr 和 trj 等压缩轨迹文件可能会报错，建议只打包不压缩。

10、大多数GMX程序可以处理比输入文件中原子数少的轨迹文件（轨迹文件中原子数目少于输入文件），但是必须保重轨迹文件中的原子处于输入文件的开头（即轨迹文件中没有的原子在输入文件尾端）。（这个貌似很容易产生歧义，语文没学好，见谅！） 造成这个的原因是GMX系统中，输入文件中所有原子按照序号进行，只有一个数字，没有名称。