【3.4.1】Gromacs重启模拟计算

以前介绍过如果使用 GMX 3.x 重新由于种种原因停止的模拟,以下为 GMX 4.x 下重启模拟的方法。

GMX 4.x 的模拟程序 mdrun 较以往版本有不少不同。在模拟过程中,mdrun 按照 mdp 文件在一定时间间隔保存一个断点文件(checkpoint file, .cpt文件),该文件保存了该时刻模拟系统的所有物理量信息。如果由于不可预见原因,模拟中断,则可以使用该文件重新在该时刻开始进行模拟。

重启模拟的命令如下:

mdrun -s topol.tpr -cpi state.cpt -append

以上 state.cpt文件为最新生产的断点文件( mdrun 会保存另外一个断点文件:state_prev.cpt,为上一个时刻保存的断点文件,双保险。)使用 “-append “ 的作用是将模拟输出添加到已有文件中,包括轨迹文件,记录文件,能量文件等,相同帧的信息将被后生产的信息覆盖。 当然,也可以继续像 GMX 3.x 一样使用 tpbconv生产新的 tpr 文件继续模拟,详细请参见旧文或手册。

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