【3.3.5】gromacs的Restraint和Constraint

在分子模拟中，这两个词都表示限制，但是意义不同。通俗点讲，

• 受到 Restraint 的分子或原子原则上可以运动；
• 受到 Constraint 的分子原子原则上不能运动。

Restraint 通常的实现方法是给目标施加一个弹性势能，当目标偏离平衡位置时，弹性势能使目标恢复到平衡位置。Constraint 则直接使目标固定住，则施加无限大的弹性势能。

在 MD 软件如Gromacs中，Restraint 定义的弹性势能直接施加到指定原子上，并在 pores.itp 文件中列出。当 MDP （Molecular Dynamics Parameters) 文件使用关键字 “define = -DPOSRES” 时，引用该 pores.itp 文件。 Constraint 的实现则在MPD文件中定义 ”freezegrps “ 关键字，把需要进行 Constraint 的分子或原子直接添加到关键字中。

BTW: GMX 中 Restraint 和 Constraint 都具有方向性，即限制可以在某一个方向上实现。其他模拟软件雷同。