【3.4.5】gromacs读取二级结构信息do_dssp

GMX.3 do_dssp

本程序调用第三发软件 DSSP，从轨迹文件中读出蛋白质的二级结构信息。要使用该程序，必先安装好 DSSP 软件（恩，用 google 或者 baidu 小搜一下）。安装 DSSP 完毕后(/home/user/soft/bin/dssp)，在 shell 中定义 DSSP 变量：

setenv DSSP /home/user/soft/bin/dssp

如果使用 bash，则

export DSSP='/home/user/soft/bin/dssp'

可以该变量直接加到 shell 的配置文件中。

程序输出文件为 .xpm 文件，该文件其实是一个文本文件，可以一般文本编辑器打开。文件中用不同字符表示蛋白质每一个残基属于什么二级结构，并随时间变化，同时定义每个字符的颜色。.xpm 文件可视化有一点麻烦，Gromacs 的另外一个程序 xpm2ps 可以将其转化为 PostScript 文件，为 .eps 文件后缀，可以直接打开或直接使用到 Latex 文件中。

do_dssp可以统计属于某二级结构类型的残基数目，“-sss” 参数用于选择二级结构类型，“-sc“ 参数则把统计结果输出到 scount.xvg 文件中（其实这个文件包含了所有不同二级结构氨基酸残基数目，可以用 xmgrace 的 “-nxy” 参数打开）。本程序还可以计算每一个残基的溶液可及化面积(Solvent Accesible Surface, SAS)，以绝对平方埃（A^2)表示，或者最大 SAS 面积的分数表示（最大 SAS 定义为该一残基在甘氨酸链中的 SAS 面积）。Gromacs 另外一个程序 g_sas 也可以求取 SAS， 效率较高并且相对简单。

程序同时可以使用输出一个 ssdump.dat 文件。该文件包含了各个残基的二级结构信息，可以被另外一个程序 g_chi 使用，以分析残基直接二面角性质与二级结构直接的关系。（其实这个文件就是一个文本文件，里面用字符代表残基的二级结构，如 H 表示螺旋，B 表示折叠等。）

程序输入输出文件：

-f:
轨迹文件，xtc、trr等。
-s :
模拟系统 tpr 文件。
-n:
索引文件。
-ssdump:
输出 ssdump.dat 文件。
-map:
程序输出 xmp 文件的原色库文件，如无则默认输出。（让其默认挺好的啦）
-o:
输出文件，xmp 文件。各个残基属于某二级结构信息并随模拟时间变化。
-sc:
统计某二级结构残基数目，输出文件 scount.xvg。
-a:
各个残基的溶液可及化面积，xmp文件。
-ta:
总可及化面积，包括疏水和亲水面积，xvg 文件。
-aa：
平均可及化面积，xvg 文件。

其他参数：

-b:
指定可是统计时间帧。

-e:
指定结束统计时间帧。（“-b” 和 “-e” 可以用来读取轨迹中某一时间断的信息。）-dt:
指定读取帧的时间间隔。
-tu:
设定输出时间单位。
-w:
统计结束，自动打开输出文件。
-xvgr:
在输出 xvg 文件中添加其他信息，坐标标题等。
-sss:
设定统计二级结构类型。
GMX.2 anadock
anadock是一个分析分子对接（docking）软件 Autodock 计算结果的程序，其作用是根据距离或者 RMSD 对分子对接结果的分子结构进行归簇，然后依据分子对接能量和自由能，并进行统计和输出。（本人没有用过 AutoDock，只用过 Dock，故不作任何评论。）
对分子结构进行归簇，Gromacs 也提供 g_cluster 程序，故可以使用该程序对结构进行提前归簇在计算能量，同样可以达到目的。

程序输入输出文件：

-f:
输入文件，PDB 文件格式。
-ox:
归簇输出文件，PDB文件格式。
-od:
能量输出文件，为 xmgrace 的 xvg 文件格式。
-of:
自由能输出文件，xvg 文件格式。
-g:
程序记录文件。

其他参数：

-xvgr:
在 xvg 输出文件中添加文字说明，坐标名称等。
-free:
使用 AutoDock 估算的自由能对结构进行结构排序。
-rms:
使用 RMS 进行归簇。
-cutoff:
归簇尺度，偏离大于给出数值时认为不同簇，默认为 0.2 nm。