【3.2.4】利用filtlong对数据进行过滤

filtlong是另外一款可以过滤nanopore数据的软件，与NanoFIlt相比更加好用一些，至少不用进虚拟环境中运行了。我们每做一步分析都尽量多尝试几种方法，通过不同方法的比较来评估方法可靠性，所谓的“双保险”。但是并不是所有人都这样想的，对于部分有选择困难症的患者，会像钟表理论一样——看两支手表反而不知道时间了。

一、软件安装

filtlong也是可以一款用于过滤nanopore测序数据的软件，虽然叫做“fillter”+“long”，但其实不仅是根据过滤长片段，（软件作者起名字也好难呀）。它可以用于过滤固定长度序列，也可以根据选定的质量值(Q值）过滤，该软件同时对数据进行剪切，从读长的头或尾端截去特定数目的碱基。还可以取固定数目的数据。有些情况下测序数据产出过多，可以只选出出一部分用于分析，提高效率。

软件官网：https://github.com/rrwick/Filtlong

二、利用filtlong过滤数据

这里处理与NanoFilt同样的数据，采用同样的处理标准，长度1000bp，平均Q值7。这里不能截取头尾了。不过可以设置保留数据大小，使用keep_percent与target_bases，如果同时使用这两个选项参数逻辑乱了，那么还是只使用一个吧。

filtlong --min_length 1000 --min_mean_q 7 ../2.rawdata/minion/all.fastq.gz |  gzip >clean.filtlong.fq.gz

选项参数：

--min_length ：最短长度
--min_mean_q：平均Q值
--keep_percent：保留最好数据的百分比，80%，直接写80，不能写0.8
--target_bases：保留多少数据，单位为bp

三、结果介绍

filtelong支持输入文件为压缩格式，但是不能输出压缩格式，因此，还是用一个gzip选项，又输出压缩格式文件，同样可以使用NanoPlot重新质控一下，比较一下过滤前后数据的差别。

参考资料

• https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI2MjA1MDQxMg==&mid=2649709953&idx=1&sn=9b351d013bd8d742de871feb69c1d68f&chksm=f24afa82c53d7394762cb46568eff8d6a2e584a52ecc52f376c03c0adc50d9153efca1cf5453&scene=21%23wechat_redirect