【6.3.1】利用minion_qc绘制质控图
前面我们提到过利用guppy进行碱基识别后生成一个sequencing_summary.txt文件，这个文件是列表格式的统计结果，R语言最喜欢列表格式了，直接使用R可以对这个列表进行统计绘图。其实如果使用官方的MinKNOW软件自带这些绘图功能，如果是自己进行的碱基识别，可以使用minion_qc来进行统计绘图，非常的容易，其实后面我们介绍的NanoPlot也可以使用这个文件绘图。
一、软件安装
软件官网：https://github.com/roblanf/minion_qc
这个工具其实就是一个R脚本，在R语言环境下直接运行就行。安装和使用都非常容易。
#下载软件
wget https://raw.githubusercontent.com/roblanf/minion_qc/master/MinIONQC.R -O MinIONQC.R
下载完成之后应该还不能直接运行，如果你的系统环境里缺少这些R包，还需要将一下这些包安装一下。
install.packages(c("data.table",
"futile.logger",
"ggplot2",
"optparse",
"plyr",
"readr",
"reshape2",
"scales",
"viridis",
"yaml"))
二、软件使用
软件的使用非常容易，输入文件就为guppy生成的sequencing_summary.txt。
Rscript MinIONQC.R -i sequencing_summary.txt -o output -p 2
软件运行的还比较快，因为没有太大的计算量，最终结果会在output中，包括如下内容：
channel_summary.png
flowcell_overview.png
gb_per_channel_overview.png
length_by_hour.png
length_histogram.png
length_vs_q.png
q_by_hour.png
q_histogram.png
reads_per_hour.png
summary.yaml
yield_by_length.png
yield_over_time.png
2.2 结果解析
结果并不难理解，主要是一些图，根据图的名字就能大概能知道每个图的意思，我们通过这些图来看一下测序情况。这里面比较重要的就是看一下长度分布，质量值分布等。下面拿几个具体图展示一下。
图1 read长度分布
图2 reads平均质量值分布，目前Q7 作为也临界标准，大约Q7的越多越好
图3 reads长度与质量二图散点图
图片图4 每个纳米孔产数据情况统计，颜色越亮，产数据越多
参考资料
