【3.2】MFEprimer

一、简介

功能介绍：

dimer       analysis primer dimers
hairpin     analysis primer hairpins
help        Help about any command
index       index fasta file for mfeprimer
indexcmp    Compare the old and the new index file, return false when they are not same
spec        analysis specificity of primers
version     print version number

1.1 安装

centos7上的安装

wget -c https://github.com/quwubin/MFEprimer-3.0/releases/download/v3.2.2/mfeprimer-3.2.2-linux-amd64.gz

gzip -d mfeprimer-3.1.0-linux-amd64.gz
chmod +x mfeprimer-3.1.0-linux-amd64

# test it
./mfeprimer-3.1.0-linux-amd64 -h

二、用法示例

2.1 多条引物dimmer的检验

/data/software/mfeprimer-3.2.2-linux-amd64 dimer -i fasta/test.fa  -o tmp2.tsv -j -s 4 --primer

参数说明：

-i 输入的fasta文件
-o 输出文件
-j 生成json的文件
-s mathch的的碱基数
--primer  只考虑能扩增出新的序列的dimer

参考资料

• https://www.mfeprimer.com/mfeprimer-3.1/#mfeprimer-31