【8.5.1.3】pvac--新抗原的预测
根据突变，生成相应长度的序列
pvacseq generate_protein_fasta \\
${phased_vcf_opt} \\
-s ${meta.sampleName}_tumor \\
${vep_tumor_vcf_gz[0]} \\
31 \\
${meta.sampleName}_long_peptideSeq.fasta
singularity exec /data2/neoantigen/singularity/pVACtools_3.0.2_icbi_3d50ac02.sif pvacseq generate_protein_fasta -p sample1_vep_phased.vcf.gz -s sample1_tumor sample1_hc_vep_pick.vcf.gz 31 test_long_peptideSeq.fasta
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