【2.7.2】Genetic Codes

详见: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi

NCBI非常注意确保GenBank记录中存在的每个编码序列(CDS)的翻译正确。这项工作的核心是仔细检查每个记录的分类,并为每个生物和记录分配正确的遗传密码(在平面文件中的CDS上显示为/ transl_table限定词)。此页面总结并引用了这项工作。

下面介绍的内容提要主要基于Osawa等人(1992)和Jukes and Osawa(1993)的评论。方括号[](在系统范围内)列出了基于序列同源性和/或系统发育关系的特定代码的临时分配。

此文档的印刷版ASN.1版本(包括以下概述的所有遗传密码)也可在此处获得。有关密码子使用的详细信息,可以在密码子使用数据库中找到。

根据历史惯例,GenBank格式使用DNA字母显示mRNA序列。因此,为了方便人们阅读GenBank记录,此处显示的遗传密码表使用T而不是U。起始密码子-无论是AUG,CTG,TTG还是其他-默认情况下均翻译为蛋氨酸(Met,M )。可能的起始密码子在翻译表的第二行(“开始”)中标记为“ M”。

当前,可以为核,线粒体,质体和氢小体分别设置遗传密码。可以通过以下代码列表正下方的四个按钮查看分类树上每一项的当前设置。

一、The Standard Code (transl_table=1)

AAs  = FFLLSSSSYY**CC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG
Starts = ---M------**--*----M---------------M----------------------------
Base1  = TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
Base2  = TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
Base3  = TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG

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