1.0 微生物新物种的定义

一、新分类单元的描述

新分类单元的描述基于对每种类型菌株的分析，通过对细菌特征进行以下四方面分析：

1. 系统发育分析(phylogenetic analysis)：将16S rRNA基因序列同一性和基于16S rRNA基因的系统树识别为新型分类群分类的重要标准。通过邻域连接法(neighbor-joining)构建了进化树，描绘了每个潜在新物种及其密切相关物种的系统发育分布和分类学关系。
2. 基因组分析(genomic analysis)：对于每个新的分类单元，基于基因组的分析包括计算每个新的分类单元及其系统发育最接近的基因组之间的ANI，dDDH和POCP，以及基于40个单拷贝系统发育学标记基因对每个新的分类单元进行分组
3. 生理分析(physiological analysis)：类型菌株的ANI MicroPlates谱主要提供了每个分类单元的生理和生化描述；
4. 形态分析(morphological analysis)：根据显微镜，表征每个分类单元的形状，大小，鞭毛，菌毛或荚膜的存在/不存在，并与邻近的物种/属进行比较。

二、为了描述新物种，有三个黄金标准：

1. 16S rRNA序列同一性<98％，
2. ANI <95％
3. dDDH值<70％

同时满足以上三个条件的任何分类单元都被定义为新物种。

三、新属

为了描述新的属，没有公认的特定标准。通常，如果一个新物种与以下五种情况中的至少三种巧合，则我们将其视为新属：

1. 16S rRNA序列同一性≤ 95％；
2. 新物种聚集在系统树上的单独进化枝上，新分类单元与其相邻物种之间的距离大于系统树上不同属的两种类型物种之间的距离。
3. POCP值<50％；
4. SpecI分组分析表明，输入基因组可能起源于一个新属。
5. 在形态和生理学上有显着差异。

参考资料

• The Mouse Gut Microbial Biobank expands the coverage of cultured bacteria. NATURE COMMUNICATIONS | (2020)11:79 | https://doi.org/10.1038/s41467-019-13836-5 | www.nature.com/naturecommunications