【3.6.3】表面

分子模拟中常需要处理两个或更多的分子之间的非共价相互作用问题,这些问题涉及到范德华表面(van der Waals surface)和分子表面(molecular surface)。

范德华表面是原子范德华球的简单空间重叠,可基于CPK或space filling 模型。

如果使用一个小的探针分子接近大分子的范德华表面,由于探针分子球的有限体积使一些缝隙称为死空间(探针球在大分子表面滚动时无法进入的缝隙)。分子表面是由探针球在分子范德华表面上滚动时的内向部分。它包括两类表面元素,接触表面(contact surface)对应于指探针真正接触到范德华表面的部分,凹表面(re-entrant surface ) 对应于那些由于缝隙太小而探针无法进入的部分。分子表面常用水作为探针,球半径为1.4 A.

可接触表面(accessible surface)的概念也被广泛使用,它的含义是探针分子在范德华表面上滚动时其球心所形成的面。

分子表面的计算方法由Connolly等人提出来的,显示表面的方法很多,下面是一些显示类型。

参考资料

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