【5.3.1.2】密码子和密码子对使用表 （ CoCoPUT ）

网页： https://hive.biochemistry.gwu.edu/review/codon2

基于我们最近的HIVE-密码子使用表，我们构建了一个新的数据库，包括GenBank中所有具有测序基因组的生物体的基因组密码子对和二核苷酸统计数据

我们创建了密码子和密码子对使用表（CoCoPUTs， codon and codon-pair usage tables），这是一个定期更新的新网站，其中包含以前生成的高性能集成虚拟环境密码子使用表（HIVE-CUT）[1]，但也已扩展到包括密码子对使用和二核苷酸统计。

计算GenBank (Release 230, 2019年2月15日)数据库中所有可用物种和截至2019年3月13日的所有RefSeq序列的密码子使用率、密码子对使用率和二核苷酸使用率。数据采集方法按照Athey等[1]的描述。RefSeq数据包含155,710个装配，GenBank数据包含1,275,531个单个物种。每当有新的GenBank版本可用时，cocoput将定期更新，并且每个版本的数据库将保持可用，以提供稳定的参考

参考资料

• https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0022283619302281?via%3Dihub 。 Codon and Codon-Pair Usage Tables (CoCoPUTs): Facilitating Genetic Variation Analyses and Recombinant Gene Design