【6.8.2】Sanger测序数据的编辑效率分析 (TIDE)

Sanger测序数据的编辑效率分析的工具:

  • R (EditR),
  • TIDER (Tracking of Indels by Decomposition )。http://shinyapps.datacurators.nl/tide/
  • ICE
  • base editing analysis tool (BEAT) , https://hanlab.cc/beat/ ,基于python的工具,发完文章以后,开源的代码就没有了。。

TIDE 使用这些峰高来确定整个序列轨迹长度上异常核苷酸的相对丰度。 TIDE 的可靠性取决于 PCR 产物的纯度和序列读数的质量

参考资料

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