【6.8.2】Sanger测序数据的编辑效率分析 (TIDE)
Sanger测序数据的编辑效率分析的工具:
- R (EditR),
- TIDER (Tracking of Indels by Decomposition )。http://shinyapps.datacurators.nl/tide/
- ICE
- base editing analysis tool (BEAT) , https://hanlab.cc/beat/ ,基于python的工具,发完文章以后,开源的代码就没有了。。
TIDE 使用这些峰高来确定整个序列轨迹长度上异常核苷酸的相对丰度。 TIDE 的可靠性取决于 PCR 产物的纯度和序列读数的质量
参考资料
- https://academic.oup.com/nar/article/42/22/e168/2411890 。 Easy quantitative assessment of genome editing by sequence trace decomposition
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个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn
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