【3.2.1.2】pangolin

A and B virus: two nucleotides (positions 8,782 in ORF1ab and 28,144 in ORF8) difference

Maximum likelihood phylogeny of globally sampled sequences of SARS-CoV-2 downloaded from the GISAID database on 18 May 2020. （27,767 genomes）

pango Lineage 命名规则，详见文献：https://www.nature.com/articles/s41564-020-0770-5

一个新的谱系必须满足以下所有标准：

1. 它与祖先谱系表现出一个或多个共享的核苷酸差异；
2. 它包含至少五个基因组，并且超过 95% 的基因组已测序；
3. 谱系内的基因组表现出至少一种共有的核苷酸变化；
4. 谱系定义节点的引导值 >70% (a bootstrap value >70% for the lineage-defining node)

迭代过程最多可以进行三个子级别（例如，A.1.1.1），之后为新的后代谱系赋予一个字母（按照从 C 开始的英文字母顺序），因此 A.1.1.1.1将成为 C.1，A.1.1.1.2 将成为 C.2

二、pangolin程序的用法

https://github.com/hCoV-2019/pangolin

pangolin ${output}/${ID}/${ID}.genome.fasta -o ${output}/${ID}/pangolin_lineage -t 64

参考资料

• https://www.nature.com/articles/s41564-020-0770-5