生信从业4年的一些感悟

现在依旧记得2013年的那个“十一”假期,在所里安装ubuntu的情境,无助焦虑,吃饭的时候都感觉如鲠在喉。如果我告诉你,在此之前我没有接触过谷歌,没有安装过系统,你一定会诧异。但事实就是如此,我之前在农场养过鸡,做过林木调查,做过销售,甚至曾想去做物流,可是从来没想过会做生物信息这一行。原因很简单,我读大学乃至读研究生的基本诉求就是找个不错(工资高)的工作,至于自己适合做什么,喜欢干什么,一直也没想明白。摸爬滚打,不断给自己挖坑,然后硬着头皮往前冲,不经意间已经吃生信这碗饭2年,倒腾生信4年,目前仍旧是在生信这条路上蹦次蹦次的二货。

为什么做生信?

话说回来,选择做生信这一行应属机缘巧合,刚好我厌倦了在所里每天重复用气相色谱测气的日子(觉得没有前途),刚好实验室有一批测序数据需要处理,老板又有足够的耐心让我去倒腾这批数据(其实没找到更合适的人),然后就慢慢走上了生信这条不归路(其实真的是越做越喜欢)。

为什么写博客?

一个零基础的小白自学生信的过程是很痛苦的,关于我那个课题生物信息方面的中文资料又太少。刚开始我买了一本perl语言入门,发现书看一遍就忘了。后来才意识到纯粹的看书是没有任何价值的(因为缺乏知识框架),需要带着问题看书,比如说,我需要统计每个基因序列区段的测序深度,就需要知道怎么读取数据,如何拆分行,怎么循环,怎么加减,如何写数据,然后将这些任务拆分,一个个的去解决,这样就有了我的第一个脚本,虽然花了半天写出来的代码很丑,但它的确是可以工作哒。我发现,在每天不停地接触新东西的过程中,一个月前解决的问题或理解的东西,后面再用的时候,有些已经忘了。在搜集资料的过程,也看到了一些比较有趣的博客,比如“有个博客”,“博耘生物”等,然后突发奇想,我是不是也可以倒腾一个博客。于是就开始写“每日一生信”这个博客,将每天学习的过程,分析过程,所遇到的问题以及一些思考记录下来。后来觉得在新浪上发博文,会出现各种广告以及莫名其妙的敏感词汇,所以干脆就弄了自己的第二个博客“sam’s note”。

关于职业的认知

我很喜欢健明倒腾的论坛的名字“生物技能树”,生信工程师更像是胶水,连接着生物学家与软件工程师。 需要会写网页,能查数据库,会敲代码,能玩操作系统,能用程序做图,了解统计,有生物背景,关键还要会修电脑。而我们在这个行业的成长过程,就是不断去完善这些技能。从最开始模仿别人的程序和脚本,到自己写脚本完成某个任务,再到写算法优化自己的流程,最后到运用大数据解决某个问题。

当然仅有这些技能是远远不够的,最终还是要回归到具备快速解决问题的能力。我们毕竟不是程序猿,更多的是要学会“拿来主义”,在解决一个问题之前,一定要先去搜索资料,看别人是否做过,是否可以直接拿来解决我们的问题。如果仅抱着解决一个问题,要掌握各种知识细节的话,就会陷入一直在学习,却无法超越学习的怪圈中。所以,一定要弄清楚眼前的问题,快速解决它,很多细节以及底层的理论基础后面可以慢慢再去消化和理解(有些细节后面可能根本碰不上)。

从最开始对这个行业的懵懂,硬着头皮往前冲,到现在越陷越深,主要是我愿意花时间去倒腾。虽然至今依旧菜鸟一枚,但是我很享受每次看到新技术的兴奋以及解决某个问题带来的成就感。”enjoy it”也许就是从事生信最好的一个状态。

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

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