【6.2】Bioconductor初识与安装
基于R的一个用于分析高通量基因组数据的工具，Bioconductor的应用功能是以包的集成形式呈现在用户面前，它提供的软件包中包括各种基因组数据分析和注释工具，其中大多数工具是针对DNA微阵列或基因芯片数据的处理、分析、注释及可视化的。同时，Bioconductor。还提供许多与DNA微阵列相关的数据包。开源，每年更新一次。
一、安装基本的Bioconductor组件
在BioC的官方网站上http://bioconductor.org/，存放着Bioc包的安装脚本，biocLite.R, 每次需要安装BioC的包之前，我们运行该脚本。source是运行代码脚本的命令，可以是本地文件，可以是网络上的文件。需要你有流畅的网络链接
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite()
biocLite()是安装函数，相当于R中的常用的install.package命令，如果不传递需要安装的包的名称，那么则安装如下的组建。 affy, affydata, affyPLM, affyQCReport, annaffy, annotate, Biobase,biomaRt, Biostrings, DynDoc, gcrma, genefilter, geneplotter, GenomicRanges, hgu95av2.db, limma,marray, multtest, vsn, 和 xtable. 在下载和安装完成之后，会打印 “Installation complete” 和 TRUE.
##我的安装过程中出现报错，installed directory not writable,cannot update packages””””…
library(BiocInstaller)
biocValid()
看安装的情况
解决办法：
方法一：以管理员权限安装
flcellogrl@flcellogrl:~$ sudo R
>source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite()
方法二：修改文件安装目录的权限
也许是在安装R的时候用的是sudo,所以一般安装没有办法去安装到那个目录,可以通过上面的查看安装情况后biocValid()，我知道了安装目录在/usr/lib/R,修改那个文件的权限，这样就能安装进去了。Chmod –R 777 /usr/lib/R
Bioconducto中包含的各种包：http://bioconductor.org/packages/release/bioc/
同时biocLite()也有其他的参数，控制安装。
- pkgs 字符，指定需要安装的包
- destdir 文件系统路径
- lib 安装包的库
##二、安装额外的包
除了一种所描述的默认安装的包之外，R和Bioc有非常多的其他的包供安装，bioc包的分类参见[color=rgb(26, 129, 194)]BiocViews， 假设我们需要安装一个名为EBImage的包
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite(“EBImage”)
可以同时安装多个包
biocLite(c(“pkg1″,”pkg2″))
三、升级安装的包
Bioc的包尤其是那些开发版本的包，升级的非常频繁，如果需要同步更新的代码，需要升级。打开新的R。运行
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
old.packages(repos=biocinstallRepos())
升级所有已经安装的包，运行
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
update.packages(repos=biocinstallRepos(), ask=FALSE)
请阅读update.packages的帮助文档，获得更多的信息。极少的情况下，需要重新编译bioc的包，为了兼容C或者Fortran, 一个方法就是输入并且运行
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
pkgs <- rownames(installed.packages())
biocLite(pkgs)
这将重新安装所有目前的已安装包，大家需要注意，可能对带宽要求极高。一般不建议进行。
参考资料：
