【1.8】VennDiagram做文氏图
常用的几个在线venn图网站
- VENN DIAGRAMS（ http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ ）
- Venny2.1（ https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html ） ，个人更喜欢这个
- BioVenn（ http://www.biovenn.nl/ ）
- DeepVenn（ http://www.deepvenn.com/ ）
通过不同方法，对于不同的研究对象，你可能得到不同的列表。比如不同表达模式的基因，不同矿物的组分，以及不同特征的人群……接下来，你可能希望把它们用集合的形式显示出来，看看各部分的交集，以及哪些类别较多。最简单的方法是用PPT画出不同的圈圈，然后标上数字。如果想让不同交集的尺寸随着数字的大小而调整，可能需要花上一点功夫。 这里有一个一劳永逸的方法（VennDiagram package），轻松获得和高水平文章上类似的Venn（维恩）图。
install.packages("VennDiagram”)
library(VennDiagram)
Loading required package: grid
Warning message:
package 'VennDiagram' was built under R version 2.13.0
x <- c(1,3,5,7,9,11,17,19,21,23,25,29,31,33,37,39,41,47,49,51,57,59);
y <- c(1,3,5,7,13,17,19,21,23,25,27,29,31,33,45,47,51);
z <- c(1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,21,23,25,27,29,31,33,35,37,39,41,43,45,47,49,51,55,57,59,61);
venn.diagram(list(X=x,Y=y,Z=z),fill=c("red","blue","yellow"),"out.tiff")
[1] 1
输出1表示画图成功，生成的结果是out.tiff，这个文件在你的R工作目录下。
或者修改作图中的部分参数：
venn.diagram(list(X=x,Y=y,Z=z),fill=c("red","green","blue"),alpha=c(0.5,0.5,0.5),cex=2, cat.fontface=4, fontfamily=3, filename="VennDiagram.tiff")
另外附一个在线画Venn图的网站：
http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
从上面的例子可以看出函数venn.diagram是利用集合作为参数绘制韦恩图的，但是有时候我们并不知道各个集合都包含什么元素，而只知道集合及相互之间交集的大小，这个时候如何绘制韦恩图呢？包VennDiagram还给我们提供了另外几个函数：绘制两个集合的韦恩图的draw.pairwise.venn，三个集合的draw.triple.venn，四个、五个集合的draw.quad.venn、draw.quintuple.venn。我们此处只介绍前两个函数的用法。
A = 1:150
B = c(121:170,300:320)
C = c(20:40,141:200)
Length_A<-length(A)
Length_B<-length(B)
Length_C<-length(C)
Length_AB<-length(intersect(A,B))
Length_BC<-length(intersect(B,C))
Length_AC<-length(intersect(A,C))
Length_ABC<-length(intersect(intersect(A,B),C))
利用函数draw.pairwise.venn绘制两个集合的韦恩图：
draw.pairwise.venn(area1=Length_A,area2=Length_B,cross.area=Length_AB
,category=c('A','B'),lwd=rep(1,1),lty=rep(2,2)
,col=c('red','green'),fill=c('red','green')
,cat.col=c('red','green')
,rotation.degree=90)
其中area1指第一个集合的大小，area2指第二个集合的大小，而cross.area则指交集的大小。参数category用于指定集合名称。其余参数与venn.diagram相同。
利用函数draw.triple.venn绘制三个集合的韦恩图：
draw.triple.venn(area1=Length_A, area2=Length_B, area3=Length_C
,n12=Length_AB, n23=Length_BC, n13=Length_AC, n123=Length_ABC
,category = c('A','B','C')
,col=c('red','green','blue'),fill=c('red','green','blue')
,cat.col=c('red','green','blue')
,reverse = FALSE)
同draw.pairwise.venn类似，area1、area2、area3分别指第一个、第二个、第三个集合的大小。n12表示第一个与第二个集合的交集大小，n23、n13也是类似，n123指三个集合的交集大小。reverse则指是否对图形进行反转。
参考资料：
