5.2 bioperl的安装
bioperl就是相当于一个大柜子，里面有各种关于生物信息分析的perl脚本，功能非常强大。但是由于不是一个安装包，可以一键安装，所以安装的过程有点点麻烦。作为一个专注于生物信息分析的人士，有必要下一个这个东西来摆摆谱。
检验是否安装了bioperl的两种方法：
- 在终端。输入以下命令：perldoc Bio::SeqIO或 perldoc Bio::SearchIO
- 运行perl Bio::Perl命令。有显示内容就是成功了
网上有这样的几种安装方法：
1.sudo apt-get install bioperl （ubuntu里貌似有源）
2 用CPAN
perl -MCPAN -e shell
cpan>d /bioperl/
cpan>install S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz （选择其中的一个）
或者是cpan>force install S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz（force强制安装，不会报错）
接下来就是会出现一些选择。基本上我都是选Y[yes]，或A[all]。搞不错啥意思~最后安装好了测试一 下。如运行perl Bio::Perl命令。有显示内容就是成功了
这两种方法我都没有成功
还有一点我要说一下，用cpan安装的是buddle-bioperl，只是bioperl常用的部分。完整的bioperl还是需要去官网上下载
同时如果所有的方法都不行的话，你还可以用cpan对要用到的模块进行单独的安装，
1、确定cpan能用。
>perl -MCPAN -e shell
cpan>install Bundle::CPAN
cpan>q
2、升级cpan，保证安装的模块是最新的。
>cpan
cpan>install Module::Build
cpan>o conf prefer_installer MB
cpan>o conf commit
cpan>q
3、安装Bioperl最重要的模块SeqIO(该模块可以实现文件格式转换，计算序列长度，blast信息提取等)，中间会有些选项要求选择，一路回车采用默认的就行了。
cpan>install Bio::SeqIO
4、安装SeqFeature模块（序列特征信息的获取或解析）。
cpan>install Bio::SeqFeature
5、安装GenBank模块
cpan>install Bio::GenBank
6、安装AlignIO和AlignI模块（数据格式格式转换）。
cpan>install Bio::AlignIO
cpan>install Bio::AlignI
7、安装DNAstatistics模块（序列统计分析，进化距离计算）。
cpan>install Bio::DNAstatistics
3.下载最新的版本来安装
前准备：
首先确保你是安装了perl,且版本在5。8以上，通过perl -version可以查看
1>确定cpan能用
>perl -MCPAN -e shell
cpan>install Bundle::CPAN
cpan>q
2>升级cpan，保证安装的模块是最新的.
同时module::build是辅助模块，它的安装依赖于其他模块，所以先安装这些模块
>cpan
cpan>install Module::Build
cpan>o conf prefer_installer MB
cpan>o conf commit
cpan>q
3>下载最新版本的bioperl
下载地址：http://www.bioperl.org/wiki/Getting_BioPerl（我选择的是1.6版）
>tar xvfz BioPerl-1.6.0.tar.gz
>cd BioPerl-1.6.0
>perl Build.PL
>./Build test
>./Build install
因为安装的过程中发现我没有权限 所以只有
>cd BioPerl-1.6.0
>perl Build.PL --install_base /sam/bioperl
>./Build test
>./Build install
最后呢
我还修改一下bioperl模块下载地址
1>先安装local::lib模块
在cpan上搜索，下载，解压缩
cd ../locallib
perl Makefile.PL
make install
2>修改cpan下载地址
cpan
cpan > o conf makepl-arg INSTALL_BASE=/sam/boperl/biolib/lib/perl5
>o conf mbuil-arg "--insatll_base /sam/biopel/lib/perl5"
>o conf commit
参考网页：
- 柳城博客http://liucheng.name/765/
- 生物信息博客 http://bioinformation.cn/?tag=bioperl安装
- 官网：http://www.bioperl.org/wiki/Installing_BioPerl
- 《perl语言入门》
ps:
- 安装过程中，最大的问题就是权限问题，因为cpan工具默认把模块安装到与perl解析器相同的目录，但你可能没有往这个系统写文件的权限，所以导致有的时候安装不上。
- 这么下来，我再用上面提到的两种方法一检验，我自己都不知道我的是否安装上，有待以后的考证。 分享：
