6.2 perl--统计每条scaffold的长度
有一个文件, >**为序列的名字,下面接的是一行是序列。统计每个序列的长度。
文件内容例如:
>A
ACTGACGT
>B
CGFSFTACGAT
>C
AGAGAGAGAAGAGAGAGAGA
统计fasta文件中每条序列的长度
#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
my (@arr, $changdu, %hash, $key);
open (FELI, "$ARGV[0]"); #$ARGV[0]指的是脚本运行后跟的第一个参数
while(< IN >){
chomp;
if (/^>/){
$key=$_;
}
$hash{$key}.=$_ unless /^>/;
}
foreach (keys %hash){
$changdu=length($hash{$_});
print "$_\t$changdu\t$hash{$_}\n";
}
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个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn
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