【2.1.3】bookdown
更多阅读：
- 大鹏志（http://dapengde.com/）大神
- 益辉（https://yihui.name/en/vitae/）大神
- 官网：https://bookdown.org/
R bookdown 是什么
- 一个用来写书写文章的软件。
- 比Word更美观，比LaTeX更易用，比Markdown格式更丰富。
- 可以方便地插入目录、图表、交叉引用、脚注、索引。
- 可以方便地插入公式、参考文献、R代码。
- 可以生成漂亮的pdf、word和网页文件。
- 撰写可重复性报告的不二之选。
PS: 页眉页脚呢？
安装
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下载R并安装。
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下载RStudio并安装。
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Windows下载CTEX并安装。建议安装完整版。 下载地址：http://www.ctex.org/CTeXDownload
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下载Pandoc并安装。
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运行RStudio。在左上面板的代码窗口输入并运行以下代码（安装bookdown扩展包）：
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install.packages(“bookdown”) 好了，安装完毕。
从模板开始
下载模板文档（到下载页面点击Clone or download – Download ZIP）： 如果你要写英文文档，那么下载通用模板; https://github.com/rstudio/bookdown-demo 如果你要写中文文档，那么下载中文模板。 https://github.com/yihui/bookdown-chinese 将模板文档解压缩到任意文件夹。
在解压缩后得到的文件里找到扩展名为.Rproj的文件。双击，默认会用RSudio打开。
在RStudio右上面板点击Build标签，再点击build book。好了，模板书出现在名为_book的子文件夹里。
在RStudio右下面板里会看到该文件夹里的文件，其中有一些扩展名为.Rmd的文件。逐个点击打开，把其中的内容修改成你自己的内容。除了index.Rm外，不需要的.Rmd文件可以删掉。
重复第4步，就得到了你自己的书。
对照一下.Rmd的文件内容和生成的文档，体会两者之间是如何对应的。
基本标记
### 标记 输出
*斜体* 斜体
**粗体** 粗体
CO~2~ CO2下标
R^2^ R2上标
$E = mc^2$ E=mc2E=mc2 行内公式（双美元符号为行间公式）
[大鹏志](http://dapengde.com) 大鹏志超级链接
<dapengde@live.com> dapengde@live.com 邮件链接
 插入图片
> 引用文字 引用
`代码` 代码
# 第一章 章节标题
1. 首先，... 带编号的列表
- 首先 不带编号的列表
^[脚注] 脚注
章节划分、编号和交叉引用
# (PART) Part I {-}
# (APPENDIX) Appendix {-}
# References {-}
# chapter {#ID}
## section {#ID}
# chapter {#ID .unnumbered}
\@ref(ID)
图表
第一种插图：嵌入的R代码作图：
```{r, fig.cap='caption', out.width='80%', fig.align='center', echo=FALSE}
plot(1:10)
```
@ref(fig:fig1)
第二种插图：将现成的图片文件插进来：
```{r img1, fig.cap='caption', out.width='80%', fig.align='center', echo=FALSE}
knitr::include_graphics("images/img1.png")
```
@ref(fig:img1)
第三种插图：用markdown基础语法：
!(images/img1.png)
第一种表格：直接用markdown语法画表格。输入：
第一列标题 第二列标题
----------- ----------
第一行1 第一行2
第二行1 第二行2
输出：
第一列标题 第二列标题 第一行1 第一行2 第二行1 第二行2
第二种表格：用R函数展示表格：
```{r tab1, tidy=FALSE, echo=FALSE}
knitr::kable(
head(iris, 20), caption = 'Here is a nice table!',
booktabs = TRUE
)
```
@ref(tab:tab1)
参考文献
参考文献信息需要保存在.bib文件里。
引用文献条目：[@R-bookdown]
参考文献列表：# References {-}
生成R包参考文献库：
knitr::write_bib(c("knitr", "stringr"), "", width = 60)
定义、定理、示例等环境
环境全称：theorems lemma definition corollary proposition example
引用简称：thm lem def cor prp ex
```{环境全称, label='', name=""}
内容
```
@ref(引用简称:label)
输出word文档
在_output.yml里添加一行： bookdown::word_document2: default
注意，default这个词是不能少的。
导出的word文档相当令人满意，参考文献的版式、图表的交叉引用都堪称完美。唯一不足之处，是公式的编号和交叉引用。bookdown的官方文档5给出的公式书写方案是，利用 LATEXLATEX 的公式环境来编号和引用，这一点在生成pdf时没问题，但生成word时，会发现别说编号，连公式本身都消失了。这大概是因为pandoc未能将公式环境正确转换的缘故。解决办法是，不使用公式环境，而使用行内公式（即公式前后有一个美元符号），公式前面用圆括号里加公式标签就可以了。例如，输入：
(@eq-mc) $E = mc^2$
I like Eq. (@eq-mc) so much that I am falling love with her.
得到：
1. E=mc2E=mc2
I like Eq. (1) so much that I am falling love with her.
公式编号和引用
word文档里的公式的编号和交叉引用，可以使用行内公式，公式前用圆括号里加公式标签。例如，输入： (@eq-mc) $E = mc^2$
I like Eq. (@eq-mc) so much that I am falling love with her.
得到： E=mc2
I like Eq. (1) so much that I am falling love with her.
pdf文档里的公式编号和交叉引用，建议使用公式环境。例如，输入：
\begin{equation}
E = mc^2
(\#eq:mc2)
\end{equation}
I like Eq. \@ref(eq:mc2) so much that I am falling love with her.
中文支持
bookdown默认是按章节标题来生成网页文件名称，纯英文标题和纯中文标题都没问题，但对中英混合的标题，bookdown会只取其中的英文部分为html文件命名。如果每个章节标题里都有个R字母，那么生成的html文件就都叫R.html，编译时就会报错。解决办法是给heading添加{#ID}，让编译生成的html文件以此ID命名。解决是解决了，但又出现无编号章节标题{#ID} 和{-}共存问题。这就不知道怎么搜了，只好继续骚扰益辉，得到的答案是 {#identifier .unnumbered}
报错：
Quitting from lines 20-28 (bookdown.Rmd)
Error in contrib.url(repos, type) :
trying to use CRAN without setting a mirror
Calls:
解决办法：
install.packages(“weatherData”,repos = “http://cran.us.r-project.org”)
参考资料
