【5.2.1.4】Goslim注释
一. GO slim简介
GO slims（http://www.geneontology.org/page/go-slim-and-subset-guide）are cut-down versions of the GO ontologies containing a subset of the terms in the whole GO. They give a broad overview of the ontology content without the detail of the specific fine grained terms. 简单地讲，GO slim简化的本体论术语。能简化GO 的注释结果，将所有的 GO 注释归类到指定的数个 GO 功能分类上。 点击进入：GO Database Guide（http://www.geneontology.org/page/lead-database-guide） 点击进入：Ontology Downloads（http://www.geneontology.org/page/download-ontology）
二、GO slim注释
2.1 安装go-perl
方法1：
# perl -MCPAN -e shell
cpan[1]> install GO::Parser
方法2：
$ wget http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/C/CM/CMUNGALL/go-perl-0.15.tar.gz
$ tar zxf go-perl-0.15.tar.gz
$ cd go-perl-0.15
$ perl Makefile.PL
$ make
$ sudo make install
查看go-perl的说明文档
$ perldoc go-perl.pod
2.2 convert file to GAF 2.0
name go ——> gaf 2.0 （这一步怎么操作不清楚，没做过）
2.3 map2slim的使用
用法：
$ map2slim GO_slims/goslim_generic.obo ontology/gene_ontology.obo \
data.gaf > data.slim;
gene_ontology.obo和goslim_generic.obo文件在Ontology Downloads中下载。 操作的对象为GAF格式文件。当然此文件可以用blast2go的专业版生成。
使用map2slim的优点是可以自己构建属于自己物种的obo文件，然后运行该程序查看所感兴趣的功能基因的数目。
2.4 使用blast2go做goslim
blast2go做goslim就很简单了，但是只能使用官网所公认的几个obo文件做goslim。
命令行里面加入参数-goslim（详见之前博文http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101iy3d.html）
Ps:其实这个go与go slim，我现在还是理解的不够深刻。注释出来又能干什么捏！！！
参考资料：
http://tmjdone.blog.163.com/blog/static/3709219720122411439670/
