【3.9.2】大样本肿瘤组织基因表达量分析的好工具--GEPIA
一、GEPIA简介
官网:http://gepia.cancer-pku.cn/index.html
GEPIA (Gene Expression Profiling interactive Analysis)用于分析RNA测序表达数据(包含来自TCGA和GTEx的 9,736 肿瘤样本和8587个正常样本,覆盖33种癌症)的网页工具
这个数据库可以分析有什么功能呢?
- 给一个基因,告诉你在所有肿瘤组织里面的表达情况,同时还展示其在癌和癌旁的表达
- 给一个基因,自动做生存分析
- 给一个基因,告诉你他的共表达基因,或者叫表达模式相似的基因
- 给两个基因,告诉你他在特定组织的相关性
- 可以做编码基因,也可以做非编码基因
该工具发表在知名刊物 Nucleic acids research上, 生成的图片是PDF格式的。 这个工具具有统计的科学性, 数据的更新程度等都做的比 较好,是分析TCGA数据的 推荐工具。
二、分析示范
1.在这里直接输入基因名
2.点击Expression DIY之后,出现了四个工具,我们用到的最多的一类是Boxplot.
- 蓝框中是可以进行的各类分析
- 红框中是最有用的两个工具: Expression DIY (分析基因正常/癌旁的表达量) 以及Survival分析高低表达该基因的肿瘤病人的生存曲线。
3.表达分析
4.生存分析
生成的生存曲线图以及P值 点击红框可以下载图片的 pdf版本
参考资料
- 上海宇道生物技术有限公司 《实用肿瘤生物信息学讲座》
- http://gepia.cancer-pku.cn/help.html
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个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn
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