biodatabase

总篇数：53

2018/01/15 【1】生物数据库概述
2022/10/12 【2】生信分析需要的库文件
2017/08/21 【1.2.1】常用数据库ID表示方式
2018/12/24 【1.2.2】基因信息的综合数据库GeneCards--获取gene symbol
2016/05/30 【1.2.3】单核苷酸多态性ID（HGVS Names和refSNP ID）
2018/12/24 【1.2.4】人参考基因组版本(hg38/CRCH38..)
2019/07/05 【1.2.4】人类基因命名规则(HUGO Gene Nomenclature Committee，HGNC)
2018/02/08 【1.6.1】NCBI概述
2018/02/08 【1.6.2】Entrez (Gene ID)
2022/03/27 【1.6.4】Taxonomy 数据库
2017/10/01 【1.6.3】如何根据pubmed id从ncbi上下载摘要
2023/03/06 【1.7.1】CCDS
2018/01/15 【2】文献数据库-PUBMED
2018/01/15 【3.1】一级核酸数据库-GenBank(NCBI)
2022/10/19 【3.2】转录标志 Transcript flags （GENCODE、TSL、ensembl）
2018/01/16 【3.2】一级核酸数据库-Ensembl(EMBI)
2018/02/08 【3.3】一级核酸数据库-UCSC
2018/01/16 【3.4】一级核酸数据库-JCVI(微生物宏基因组数据库)
2018/02/08 【3.5】一级核酸数据库-GEO(基因表达数据库)
2018/02/08 【3.6】一级核酸数据库-SRA(二代测序的原始数据,Sratools,)
2018/02/08 【3.7.1】一级核酸数据库-ENCODE
2018/02/08 【3.7.2】一级核酸数据库-GENCODE
2018/02/08 【3.8.1】一级核酸数据库-1000 GENOME
2018/02/08 【3.9】一级核酸数据库-tcga
2018/12/24 【3.9.2】大样本肿瘤组织基因表达量分析的好工具--GEPIA
2018/12/24 【3.9.3】GDC
2018/12/24 【3.9.5】一级核酸数据库-ICGC
2022/11/10 【3.9.6】20个癌种的免疫数据分析-TCIA
2018/01/16 【4】二级核酸数据库
2018/01/16 【4.1】rRNA数据库-sliva
2018/02/08 【4.2】RefSeq数据库
2018/01/16 【5.1】一级蛋白质序列数据库-UniProt
2018/12/24 【5.3】人类mRNA与蛋白表达量查询相关的数据库--ProteinAtlas
2018/12/24 【5.4】人类mRNA与蛋白表达量查询相关的数据库--proteomicsDB
2018/12/24 【5.5】人类mRNA与蛋白表达量查询相关的数据库--GTEx
2019/05/06 【5.5】基因在正常和肿瘤的不同组织中的表达--GTEx/TCGA
2018/12/24 【5.6】肿瘤细胞系的百科全书--ccle
2018/01/16 【6.1.1】一级蛋白质结构数据库-PDB
2020/01/24 【6.1.1】PDB相关数据库
2018/01/16 【6.2.1】二级蛋白质结构数据库-Pfam（结构域家族数据库）
2018/01/16 【6.2.2】二级蛋白质结构数据库-SCOP2（结构分类数据库）
2018/01/16 【6.2.3】二级蛋白质结构数据库-CATH（结构分类数据库）
2017/02/13 【7.1】遗传变异主要的数据库
2018/02/08 【7.2】遗传变异主要的数据库-dbSNP(单核苷酸多态性)
2018/12/24 【7.3】大样本肿瘤组织中的突变数据及其分析--intOgen
2020/10/25 【7.4】体细胞突变库--comsmic
2021/02/03 【7.5】疾病突变位点和蛋白质结构可视化工具(VarSite)
2018/01/16 【8.1】其他数据库-OMIM（人类孟德尔遗传在线）
2018/01/16 【8.2】其他数据库-KEGG（京都基因与基因组百科全书）
2017/08/21 【8.3】gwasdb
2022/02/05 【8.4.1】ViPR 病毒数据库
2020/11/08 【9.1】L1000CDS--LINCS L1000特征方向签名搜索引擎
2021/02/26 【9.2】CSD(Cambridge Structural Database)