【9.6】NGL--分子结构可视化插件

一、NGL简介

NGL是PDB官网中展现分子结构的插件本地化,开源的

demo: http://nglviewer.org/ngl/

优点:

  1. 具有丰富的分子结构呈现样式,可以自定义各种样式
  2. 支持多种输入(mmCIF, PDB, PQR, GRO, SDF, MOL2, MMTF)等,支持PDBID和上传我们自己的结构,非常方便我们分子结构的查看和讨论。
  3. 丰富的API接口和支持内嵌的js,便于跟各种工作流的整合。

缺点:

  1. 该工具只是一个插件,在权限管理方面,需要用户来开发
  2. 只可以呈现结构,不具有MOE那种可以改结构的功能

相关文献:

  • AS Rose, AR Bradley, Y Valasatava, JM Duarte, A Prlić and PW Rose. Web-based molecular graphics for large complexes. ACM Proceedings of the 21st International Conference on Web3D Technology (Web3D ‘16): 185-186, 2016. doi:10.11452945292.2945324
  • AS Rose and PW Hildebrand. NGL Viewer: a web application for molecular visualization. Nucl Acids Res (1 July 2015) 43 (W1): W576-W579 first published online April 29, 2015. doi:10.1093/nar/gkv402

用法api:

code:

https://github.com/arose/ngl

二、NGL安装

(c01)

cd /data/software
git clone https://github.com/arose/ngl.git


cd /data/software/ngl
npm install . 
npm run build

在/etc/nginx/conf.d下面配置新的ngl.conf即可

server {
        listen  4567;
        server_name    default_server; #通过域名转接到80入口,然后转到8089端口的内容上去
        root    /data/software/ngl;
        index examples/webapp.html;
        access_log  /data/web/log/ngl.log  main;
        error_log  /data/web/log/ngl_error.log ;
        # Load configuration files for server block.

        #include /etc/nginx/default.d/blog.conf;
        location / {
               # proxy_pass http://127.0.0.1:8888;  #这里的Ip地址不用改,带哦表本机
                #root /home/sam/www;
                #index index.html;

        }

        error_page 404 /404.html;
                location = /40x.html {
        }

        error_page 500 502 503 504 /50x.html;
                location = /50x.html {
        }
}

重启Nginx

systemctl restart nginx.service 

然后就可以通过

http://IP:4567/examples/webapp.html 来访问了

三、参数调整

哈哈,先占个坑在这

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

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