protein_design

总篇数：72

2020/01/20 【1.1.1】蛋白溶剂可及性（solvent accessibility）
2019/12/02 【1.1.2】计算残基暴露程度（freesasa）
2020/01/26 【2.3】promotif
2019/12/03 【2.1.1】蛋白二级结构Dali
2019/12/04 【2.1.2】DSSP
2020/01/25 【2.1.3】HSSP
2020/12/25 【2.2.1】gstat计算蛋白化学公式(chemical formula)
2020/12/25 【2.2.1】统计蛋白序列的各种属性 Emboss pepstats
2020/07/27 【2.5.1】蛋白质链柔性预测（Karplus Schulz Flexibility ）
2020/07/24 【2.5.1】Emini surface accessibility scale
2020/07/29 【2.5.4】Parker亲水性预测
2018/12/06 【3.1】小分子三维结构构建与优化--Discovery Studio （DS）
2020/01/28 【4.1.1】蛋白质二级结构预测
2021/05/23 【4.1.2】CASP
2020/02/06 【4.2.1】蛋白质二级结构预测--GOR
2020/02/07 【4.2.2】蛋白质二级结构预测--Chou-Fasman
2020/02/08 【4.2.3】蛋白质二级结构预测--psipred
2019/12/20 【4.4.1】蛋白质结构预测和设计的进展
2019/12/28 【4.4.2】视紫红质结构预测的现代同源性建模算法的比较研究
2020/02/12 【4.4.3】蛋白质结构预测的分水岭
2020/01/09 【4.5.1】蛋白质结构和功能预测(I-TASSER)
2020/01/03 【4.5.2】I-TASSER服务器--蛋白质结构和功能预测的新发展
2019/12/29 【4.5.3】同源建模--modeller
2020/01/08 【4.5.4】使用Robetta服务器进行蛋白质结构预测和分析
2020/02/09 【4.2.3】SURPASS
2021/11/21 【4.5.6】结构预测--alphafold
2020/01/15 【4.7.3.1】结构比较--Prosa z-score
2020/01/11 【4.7.3.4】结构比较--Tm score (Lg score/maxsub score)
2020/01/12 【4.7.3.5】结构比较--LGA score(LCS,GDT)
2020/01/16 【4.7.3.6】结构比较--CAD-score(残基-残基接触面积差)
2020/01/22 【4.7.3.7】结构比较--QCS(残基-残基接触面积差)
2021/12/29 【4.7.3.8】结构比较--LDDT
2018/12/08 【5.1.1】分子对接
2018/01/15 【5.2】蛋白质-蛋白质分子对接
2018/01/15 【5.3.3】蛋白质分子表面性质
2018/01/15 【5.4.4】蛋白质-小分子分子对接
2019/07/06 【6.1.1】饱和突变（saturation mutagenesis）
2019/07/24 【6.2.1】蛋白质稳定性原理及其在计算设计中的应用
2021/11/26 【6.2.1.2】蛋白质转化率（PROTEIN TURNOVER）
2021/11/23 【6.2.1.3】N-end rule
2019/07/23 【6.2.2】基于序列和结构设计来提高蛋白表达量和稳定性（PROSS）
2019/07/25 【6.2.3】设计热稳定蛋白--fireprot
2020/06/21 【6.2.4】蛋白稳定性预测的工具比较（Provean/FoldX/ELASPIC/Rosetta）
2021/11/14 【6.2.5】DeepDDG-- 使用神经网络预测蛋白质点突变的稳定性变化
2021/11/02 【6.2.5】空腔填充疏水取代 cavity-filling hydrophobic substitutions
2019/08/19 【6.3.1】蛋白质稳态研究中用CamSol预测蛋白质溶解
2020/06/16 【6.4.1】预测和减少单克隆抗体的聚集
2020/06/17 【6.4.2】Tango预测蛋白聚集区域
2020/06/18 【6.6.1】通过基于结构的计算机辅助蛋白质设计来建模和缓解高浓度抗体的粘度
2020/06/19 【6.6.2】在计算机上选择要开发的治疗性抗体（粘度/清除率/化学稳定性)
2020/06/20 【6.6.3】用于早期筛选单克隆抗体粘度的计算工具（SCM）
2021/01/31 【6.6.4】单克隆抗体溶液浓度依赖性粘度曲线的计算机模拟预测
2019/06/05 【7.1.2】由citizen科学家设计的de novo蛋白质
2020/11/10 【7.1.3】蛋白质可以被设成没有功能么
2019/09/03 【8.5.1】遗传衣壳修饰允许有效重新靶向腺相关病毒2型
2019/09/02 【8.5.2】腺相关病毒2型（AAV2）衣壳基因的突变分析和AAV2载体的构建改变取向
2019/09/04 【8.5.3】随机肽文库显示在腺相关病毒上以选择靶向基因治疗载体
2019/09/05 【8.5.4】新的腺相关病毒的体内导向进化为玻璃体外治疗外视网膜基因
2018/08/16 【9.1.1】moe安装
2018/07/27 【9.1.2】moe叠合两分子结构
2018/08/09 【9.1.3】moe序列标记
2018/09/21 【9.1.4】moe标记α碳
2018/12/12 【9.1.5】moe不能下载pdb
2018/12/13 【9.1.6】通过moe对抗体批量renumber
2018/01/12 【9.2.1】蛋白质结构可视化-VMD
2018/12/06 【9.2.2】蛋白质三维结构演示-pymol
2020/12/04 【9.2.3】蛋白质三维结构演示-avogadro
2022/05/03 【9.2.4】RNA三级结构可视化--chimeraX
2018/08/16 【9.4.1】蛋白-配体相互作用指纹图谱（PLIF）
2018/06/05 【9.5.1】helm
2020/04/07 【9.6】NGL--分子结构可视化插件
2020/07/14 【9.7】Flare的初识