【9.2.2】蛋白质三维结构演示-pymol
- 分子模拟(Molecular Simulation) 利用计算机以原子水平的分子模型来 模拟分子结构与行为,进而模拟分子体系的各种物理、化学性质的方法。
- 分子模拟不仅可以模拟分子的静态结构,也可以模拟分子体系的动态行为
一、目的
实验对象:
序列联配对应蛋白,PDB code:1G94
实验步骤:
- 打开分子模拟软件Pymol,输入蛋白质PDB文件
- 熟悉大分子显示操作界面
- 认识蛋白质整个结构形状,显示蛋白质主要的显示模型,了解蛋白质二级结构
- 显示活性部位及小分子结合相互作用
- 以活性部位残基为例,显示氢键、两原子间距等参数 6.显示小分子作用位点静电势表面、溶剂可及表面,了解不同表面表示形式的差异
二、软件安装
Pymol 教育版 (Schrodinger公司)
按照要求注册后下载使用
三、具体操作
1.打开分子模拟软件Pymol,输入蛋白质PDB文件
2.点击Display下拉菜单Sequence,可以显示蛋白质序列
右上角大分子操作界面打开后有5个分项
第二个show选项中第一个as选项可以选择显示飘带或者卡通图
选择A-preset-publication,可以显示美观的卡通图案
选择A-preset-ligand sites-cartoon,可以显示小分子作用位点,包 括氢键、相互作用氨基酸残基等,小分子以stick方式显示
选择1g94_pol_cont后面的S选项,选择show labels,可以显示氢键的距离
选择A-preset-ligand sites-solid(better),可以显示小分子作用位点的蛋白 表面图,小分子以stick方式显示
点击Display-sequences显示蛋白质序列,往右拖动选择小分子配体(5个), 右键点击小分子,选择actions-around-residues within 6Å,可以选择得到小 分子周围6Å以内的残基
点击sele右边的A选项,选择copy to object,下面会多出一个obj01的对象, 该对象为小分子周围6Å以内的残基,点击A-generate-vacumn electrostatics-protein contact potential, 显示小分子周围的表面静电势
观察小分子周围的表面静电势
讨论
- 维持螺旋和折叠二级结构的主要作用力是什么?
- 序列联配的目的是什么?
参考资料
- 复旦大学 周璐 老师的 《药物设计学》 课件
这里是一个广告位,,感兴趣的都可以发邮件聊聊:tiehan@sina.cn
个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn
个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn